Znakomita wiadomość na początek tygodnia! Eugene Baulin z Laboratorium prof. J. Bujnickiego nagrodzony stypendium EMBO! Serdecznie gratulujemy!

Podoktoranckie stypendia EMBO wspierają najlepszych badaczy podoktorskich w całej Europie i na świecie przez okres max. do dwóch lat. Kluczowym wymogiem jest międzynarodowa mobilność. Stypendium obejmuje wynagrodzenie, dodatek relokacyjny oraz wsparcie dla stypendystów z dziećmi. Nagrodzeni mogą uczestniczyć w kursie EMBO Laboratory Leadership i stać się częścią globalnej sieci EMBO Fellows. 

Tytuł i streszczenie nagrodzonego projektu to: "Exploring RNA folds and remote evolutionary relationships with an improved structural similarity search method".

STRESZCZENIE:
Aby w pełni zrozumieć funkcje i interakcje makrocząsteczek biologicznych, niezbędna jest znajomość ich struktur molekularnych. Obecnie nasza wiedza o niekodujących RNA i ich różnorodności strukturalnej pozostaje bardzo ograniczona, choć zrozumienie ich znaczenia dla wielu procesów komórkowych szybko rośnie. Dla większości znanych rodzin niekodujących RNA struktura, funkcja i relacje ewolucyjne są nieznane. Proponuję nowatorskie podejście do porównywania sekwencji RNA oparte na kodowaniu danych o sekwencji RNA (AUCG) i strukturze drugorzędowej (5 stanów) do 20-literowego alfabetu. Używając kodowania z określoną matrycą substytucji, zastosuję narzędzia gold-standard opracowane dla 20-literowego alfabetu aminokwasów do poszukiwania odległych homologii i podobieństw strukturalnych niewykrywalnych przez istniejące podejścia. Wstępne wyniki pokazują, że nasza metoda poprawia zarówno czułość jak i specyficzność w porównaniu do metod konwencjonalnych. Moje doświadczenie w badaniu motywów trzeciorzędowych RNA i tworzeniu baz danych wraz z doświadczeniem laboratorium gospodarza w modelowaniu struktury RNA będzie kluczowe w budowaniu kompleksowej mapy podobieństw strukturalnych RNA, która może być wykorzystana do wykrywania zależności pomiędzy rodzinami RNA i domenami w długich niekodujących RNA, które mają wspólne motywy strukturalne przy znacznej rozbieżności na poziomie sekwencji. Taka mapa, wraz z powiązaniem fałdów RNA z powtarzającymi się motywami 3D, umożliwi szybsze i dokładniejsze modelowanie struktur 3D RNA i poprawi przewidywanie funkcji RNA na podstawie struktury. Uzyskane wyniki mogą przyczynić się do poprawy ogólnego podejścia do przewidywania struktury RNA i badań nad ewolucją RNA oraz mieć głębokie implikacje dla dziedziny biologii RNA.

Eugene BauliEMBO Postdoctoral Fellowships wspierają doskonałych badaczy podoktorskich w całej Europie i na świecie przez okres do dwóch lat. Kluczowym wymogiem jest międzynarodowa mobilność. Stypendium obejmuje wynagrodzenie lub stypendium, dodatek relokacyjny oraz wsparcie dla stypendystów z dziećmi. Nagrodzeni mogą uczestniczyć w kursie EMBO Laboratory Leadership i stać się częścią globalnej sieci EMBO Fellows.EMBO Postdoctoral Fellowships wspierają doskonałych badaczy podoktorskich w całej Europie i na świecie przez okres do dwóch lat. Kluczowym wymogiem jest międzynarodowa mobilność. Stypendium obejmuje wynagrodzenie lub stypendium, dodatek relokacyjny oraz wsparcie dla stypendystów z dziećmi. Nagrodzeni mogą uczestniczyć w kursie EMBO Laboratory Leadership i stać się częścią globalnej sieci EMBO Fellows.
Tytuł i streszczenie nagrodzonego projektu to: "Exploring RNA folds and remote evolutionary relationships with an improved structural similarity search method".
STRESZCZENIE:
Aby w pełni zrozumieć funkcje i interakcje makrocząsteczek biologicznych, niezbędna jest znajomość ich struktur molekularnych. Obecnie nasza wiedza o niekodujących RNA i ich różnorodności strukturalnej pozostaje bardzo ograniczona, choć zrozumienie ich znaczenia dla wielu procesów komórkowych szybko rośnie. Dla większości znanych rodzin niekodujących RNA struktura, funkcja i relacje ewolucyjne są nieznane. Proponuję nowatorskie podejście do porównywania sekwencji RNA oparte na kodowaniu danych o sekwencji RNA (AUCG) i strukturze drugorzędowej (5 stanów) do 20-literowego alfabetu. Używając kodowania z określoną matrycą substytucji, zastosuję narzędzia gold-standard opracowane dla 20-literowego alfabetu aminokwasów do poszukiwania odległych homologii i podobieństw strukturalnych niewykrywalnych przez istniejące podejścia. Wstępne wyniki pokazują, że nasza metoda poprawia zarówno czułość jak i specyficzność w porównaniu do metod konwencjonalnych. Moje doświadczenie w badaniu motywów trzeciorzędowych RNA i tworzeniu baz danych wraz z doświadczeniem laboratorium gospodarza w modelowaniu struktury RNA będzie kluczowe w budowaniu kompleksowej mapy podobieństw strukturalnych RNA, która może być wykorzystana do wykrywania zależności pomiędzy rodzinami RNA i domenami w długich niekodujących RNA, które mają wspólne motywy strukturalne przy znacznej rozbieżności na poziomie sekwencji. Taka mapa, wraz z powiązaniem fałdów RNA z powtarzającymi się motywami 3D, umożliwi szybsze i dokładniejsze modelowanie struktur 3D RNA i poprawi przewidywanie funkcji RNA na podstawie struktury. Uzyskane wyniki mogą przyczynić się do poprawy ogólnego podejścia do przewidywania struktury RNA i badań nad ewolucją RNA oraz mieć głębokie implikacje dla dziedziny biologii RNA.
Przetłumaczono z www.DeepL.com/Translator (wersja darmowa)n

z Laboratorium prof.

J. Bujnickiego nagrodzony stypendium EMBO