W tym tygodniu, 23-27.01.2023, w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie odbył się kurs krytycznego czytania publikacji naukowych (Critical Reading of Scientific Papers), który składał się z 2 wykładów i 3 warsztatów. Zarówno kurs, jak i idea jego organizacji spotkała się z dużym zainteresowaniem ze strony uczestników, którzy wysoko ocenili jego wartość, podkreślając, że śledzenie i recenzowanie literatury naukowej jest bardzo istotną częścią ich pracy.

Wykłady online prowadził dr Brooke Morriswood, z wydziału Cell and Developmental Biology, Uniwersytetu w Würzburgu. Jego wykłady skupiały się wokół następujących zagadnień:

- znaczenie regularnego czytania publikacji naukowych jako istotna część działalności naukowej;

- analiza części składowych pracy naukowej;

- w jaki sposób zaangażować młodych naukowców do krytycznego czytania prac naukowych;

- jak prowadzić nadzór nad literaturą naukową.

W wykładach uczestniczyło ponad 50 doktorantów i pracowników naukowych MIBMiK. Dr Morriswood udzielił wielu praktycznych wskazówek, przydatnych zarówno przy czytaniu, jak i pisaniu publikacji naukowych. - "Bardzo się cieszę, że Brooke przyjął nasze zaproszenie do poprowadzenia kursu z zakresu krytycznego czytania prac naukowych i jestem pewna, że wszyscy z niego skorzystamy. Wykładom towarzyszą praktyczne warsztaty dla naszych doktorantów, które odbywają się w tym tygodniu - powiedziała prof. Marta Miączyńska, Dyrektorka MIBMiK.

Warsztaty stacjonarne dedykowane były doktorantom i prowadzone przez kierowników laboratoriów MIBMiK: prof. Martę Miączyńską, prof. Matthiasa Bochtlera oraz dr Katarzynę Mleczko-Sanecką. Uczestnicy szkolenia, podzieleni na małe grupy, analizowali i omawiali wybrany artykuł badawczy.

Dr Brooke Morriswood jest kierownikiem na Wydziale Cell & Developmental Biology na Uniwersytecie w Würzburgu, Niemcy. Jest biologiem molekularnym komórki, który interesuje się cytoszkieletem, białkami motorycznymi i handlem błonami.
Ukończył Uniwersytet Cambridge (2002) na kierunku biochemia oraz studia doktoranckie pod kierunkiem Johna Kendricka-Jonesa w Laboratory of Molecular Biology, Cambridge (2006). Studia podoktorskie prowadził w laboratorium Grahama Warrena na Uniwersytecie Yale (2007) oraz w Max F. Perutz Laboratories w Wiedniu (2008-2014). W 2015 roku Brooke został kierownikiem grupy na Uniwersytecie w Würzburgu.

Kurs odbył się dzięki wsparciu projektu MOSaIC.

Wykład Critical Reading of Scientific Papers został zorganizowany i sfinansowany w ramach projektu MOSaIC, który otrzymał dofinansowanie z programu Unii Europejskiej Horyzont 2020 w zakresie badań i innowacji (umowa o dofinansowanie nr 810425).

Pozytywna pamięć genetyczna, pamięć transkrypcyjna – od czego zależy? Jakie dokładnie czynniki za nią odpowiadają? Ostatnio opublikowany artykuł w czasopiśmie Cellular and Molecular Life Sciences autorstwa naukowców z Laboratorium Biologii Strukturalnej przyczynia się do  lepszego zrozumienia pozytywnej pamięci genetycznej.  

Jak to możliwe, że po podziale komórki (tzw. mitozie) komórka potomna "pamięta" jaką powinna mieć "tożsamość"? Dlaczego komórka nerwowa nie staje się nagle komórką serca, skoro obie mają takie samo DNA? Za prawidłowy mechanizm utrzymania tej "tożsamości" odpowiada pamięć epigenetyczna, która wprowadza odpowiednie znaczniki genów powodujące, że stają się one aktywne lub wyłączone.

Okazuje się, że proces umieszczania znaczników aktywnych genów (pozytywna pamięć epigenetyczna) jest katalizowany m.in. przez białko KMT2/MLL, obecne w różnych tkankach. Zaburzenia pracy tego białka wprowadzają zamęt i zmiany "tożsamości" komórek, co w konsekwencji najczęściej wywołuje choroby nowotworowe, ale również psychiczne.

Naukowcy z Międzynarodowego Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie pod kierownictwem prof. Matthiasa Bochtlera chcieli zrozumieć, w jaki sposób białka KMT2/MLL znajdują swoje cele, aby móc wprowadzić znacznik w obrębie aktywnych genów. W najnowszej pracy Stroynowska-Czerwińska i wsp. pokazują, że małe fragmenty tych białek (tzw. domeny) i interakcje między nimi są wystarczające do tego celu. Autorzy udowadniają również, że nawet pojedyncza, związana z nowotworem, mutacja zmiany sensu w obrębie tych domen może znieść specyficzność ich celowania.

Podsumowując, pamięć genetyczna zależy od pętli sprzężenia zwrotnego, która odpowiada za metylację H3K4, aktywny znacznik chromatyny, na aktywnych promotorach i wzmacniaczach. Do tej pory nie rozumiano, w jaki sposób metylotransferazy KMT2/MLL znajdują swoje cele chromatynowe. Stroynowska-Czerwinska i in. pokazują, że skupione domeny PHD w białkach KMT2/MLL są wystarczające do tego celu. Autorzy wykazali, że znane preferencje promotora lub wzmacniacza poszczególnych metylotransferaz KMT2/MLL można przypisać odpowiednio obecności lub nieobecności w nich domen CXXC. Praca przedstawia pierwszą cało-genomową charakterystykę wiązania domen będacych czytnikami histonów w komórkach. Mutacje genów KMT2/MLL są silnie związane z rakiem. Autorzy pokazują, że nawet pojedyncza związana z rakiem mutacja zmiany sensu w domenach PHD może znieść specyficzność celowania. Dlatego praca ma również implikacje medyczne.”

Artykuł dostępny pod linkiem:

https://link.springer.com/article/10.1007/s00018-022-04651-1

Stroynowska-Czerwinska, A.M., Klimczak, M., Pastor, M. et al. Clustered PHD domains in KMT2/MLL proteins are attracted by H3K4me3 and H3 acetylation-rich active promoters and enhancers. Cell. Mol. Life Sci. 80, 23 (2023). https://doi.org/10.1007/s00018-022-04651-1

To będzie jedno z ważniejszych wydarzeń naukowych w Polsce w 2023 roku! Z radością informujemy, że dziś otworzyliśmy możliwość rejestracji na konferencję Polish RNA Biology Meeting PL - RNA 2023! O szczegółach wydarzenia, programie i zaproszonych gościach opowiadają w krótkim filmie video prof. Andrzej Dziembowski – Przewodniczący Komitetu Organizacyjnego i prof. Gracjan Michlewski – Przewodniczący Komitetu Naukowego, na codzień Kierownicy Laboratoriów w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie. 

Obszar biologii RNA – to dynamicznie rozwijająca się dziedzina nauk przyrodniczych, odnosząca się do zagadnień takich jak: biologia RNA w układach prokariotycznych i eukariotycznych, transkrypcji, przetwarzania i metabolizmu RNA oraz zastosowania RNA w terapii i medycynie.

Głównym celem spotkania jest zebranie w jednym miejscu wybitnych naukowców, specjalistów w zakresie biologii RNA z Polski i ze świata, umożliwienie im wymiany wiedzy i doświadczeń oraz nawiązanie współpracy. Konferencja będzie również znakomitą okazją dla doktorantów i badaczy podoktorskich do zaprezentowania swoich najlepszych projektów badawczych. W wydarzeniu swój udział zapowiedzieli światowej sławy specjaliści: prof. Lori Passmore, prof. Alfredo Castello, prof. Andrea Rentmeister oraz prof. Witold Filipowicz.

Link do rejestracji:https://pl-rna.iimcb.gov.pl/

Przewodniczącym Komitetu Naukowego jest prof. Gracjan Michlewski, Kierownik Laboratorium Oddziaływań RNA-Białko - Centrum Dioscuri w MIBMiK.

Członkami Komitetu Naukowego są: prof. Sebastian Glatt, Małopolskie Centrum Biotechnologii, Uniwersytet Jagielloński, prof. Jacek Jemielity, Uniwersytet Warszawski, prof. Kinga Kamieniarz-Gdula, Uniwersytet im. A. Mickiewicza w Poznaniu, prof. Elżbieta Kierzek, Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu oraz prof. Joanna Kufel, Uniwersytet Warszawski.

Przewodniczącym Komitetu Organizacyjnego jest prof. Andrzej Dziembowski, Kierownik Laboratorium Biologii RNA - Grupa ERA Chairs w MIBMiK.

Spotkanie organizowane jest w ramach projektu MOSaIC, finansowanego z programu Horizon2020 ERA Chairs.

Więcej informacji: https://pl-rna.iimcb.gov.pl/

To wspaniały news na początek roku! Natalia Szulc z Laboratorium Metabolizmu Białek otrzymała stypendium Fulbright’a! Serdecznie gratulujemy tego sukcesu! Cieszymy się tym bardziej, że Natalia jest pierwszą osobą z naszego Instytutu, która otrzymała to prestiżowe stypendium!

Fulbright Junior Research Award to stypendium dla doktorantów na wyjazd na uniwersytet, do instytutu badawczego lub organizacji pozarządowej w Stanach Zjednoczonych w celu realizacji projektu związanego z tematem pracy doktorskiej.

Dzięki stypendium Fulbrighta Natalia zdobędzie doświadczenie w rozwoju leków opartych na technologii ukierunkowanej degradacji białek. Są to nowatorskie i obiecujące terapie oparte na manipulacji systemem ubikwityna-proteasom w celu selektywnej degradacji wybranych białek, co pozwala na walkę np. z chorobami nowotworowymi poprzez sterowanie usuwaniem białek sprzyjających powstawaniu guzów.

Natalia będzie realizować projekt badawczy związany z modelowaniem obliczeniowym degraderów białek w Dana-Farber Cancer Institute, instytucie posiadającym światowej sławy doświadczenie w technologii ukierunkowanej degradacji białek.

Szczęśliwych i spokojnych Świąt Bożego Narodzenia!

Niech Nowy Rok przyniesie wszystkim zdrowie i pomyślność!

Znamy już zwycięzcę konkursu na koncepcję  architektoniczną nowej siedziby MIBMiK. W piątek, 16 grudnia br. odbyło się uroczyste ogłoszenie wyników konkursu organizowanego przez Międzynarodowy Instytut Biologii Molokularnej i Komórkowej w Warszawie, przy współpracy z Stowarzyszeniem Architektów Polskich. Wydarzenie objęte zostało honorowym patronatem Ministra Edukacji i Nauki.

W konkursie przyznane zostały trzy nagrody i dwa wyróżnienia. Pierwsza nagroda, w tym nagroda pieniężna w wysokości 35 tys. zł oraz zaproszenie do negocjacji w trybie zamówienia z wolnej ręki na wykonanie usługi na podstawie wybranej pracy konkursowej, została przyznana pracowni Atelier Tektura Sp. z o. o z Warszawy.

Praca została doceniona za bardzo dobre, racjonalne oraz logiczne rozwiązanie rozkładu pomieszczeń. Doceniono elastyczność projektu, czyli możliwość modyfikacji rozkładu jak i rozwiązań konstrukcyjnych. W uzasadnieniu podkreślono również przemyślaną organizację ruchu na terenie inwestycyjnym z wykorzystaniem parkingu wewnętrznego. Sąd Konkursowy docenił także prostą estetyczną bryłę o dostojnym charakterze, która odzwierciedla charakter instytucji. Po względem estetyki, dobrze oceniono pomysł włączenia do fasady elementów drewnianych.

Projekt zakłada 4 kondygnacje nadziemne i 1 podziemną, przy całkowitej powierzchni obiektu ponad 20 tys. m² i powierzchni użytkowej blisko 14 tys. m²

Drugą nagrodę, o wartości 25 000 zł otrzymała pracownia Projekt Praga Sp. z o. o z Warszawy, a trzecią, w wysokości 15 tys. zł – pracownia BAAS arquitectura z Barcelony. Wyróżnienia przyznane zostały ex aequo pracowniom: Heinle, Wischer und Partner Architekci Sp. z o.o. z Wrocławia oraz dwóm pracowniom, które złożyły wspólny projekt: BRUTHER z Paryża oraz TŁO Michał Sikorski architekt z Warszawy.

 - Celem konkursu było wyłonienie najlepszej pod względem architektonicznym, funkcjonalnym i użytkowym koncepcji budynku MIBMiK, która będzie wpisywać się w dalszy dynamiczny rozwój i cele strategiczne Instytutu – i w mojej ocenie udało się to osiągnąć – powiedziała po ogłoszeniu wyników prof. Marta Miączyńska, Dyrektor MIBMiK.

Swoje miejsce znajdzie w nim 20 grup badawczych i 7 Specjalistycznych Pracowni Aparaturowych. Nowa przestrzeń umożliwi naukowcom wykonywanie profesjonalnych ekspertyz i zacieśnianie współpracy z polskim przemysłem biotechnologicznym i farmaceutycznym.

W konkursie w I etapie zostało złożonych 14 opracowań studialnych, z czego do II etapu zostało zaproszonych 5 wykonawców.

Z radością informujemy, że w dniu 15 grudnia br. Prof. Marta Miączyńska została powołana na stanowisko Dyrektora MIBMiK i tym samym rozpoczęła swoją drugą kadencję, która będzie realizowana w latach 2022-2026. Dyrektor Miączyńska wygrała międzynarodowy konkurs oraz uzyskała rekomendację Międzynarodowego Komitetu Doradczego. Powołania dokonał prof. Jerzy Duszyński, Prezes Polskiej Akademii Nauk.

Prof. Marta Miączyńska jest absolwentką Uniwersytetu Jagiellońskiego, stopień doktora w dziedzinie genetyki uzyskała na Uniwersytecie Wiedeńskim w 1997 roku, stopień doktora habilitowanego w roku 2008, a tytuł profesora w 2013 r. W latach 2013-2015 była zastępcą dyrektora Międzynarodowego Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie.

Jej badania z dziedziny biologii komórki dotyczą mechanizmów molekularnych, które integrują transport błonowy, w szczególności endocytozę, z wewnątrzkomórkowymi szlakami sygnalizacyjnymi. Odkryła m.in. odrębną populację wczesnych endosomów w komórce, tzw. endosomy APPL i wraz ze swoim zespołem scharakteryzowała rolę endosomów jako platform sygnałowych dla receptorów czynników wzrostu i cytokin.

Jest współautorką ponad 60 publikacji cytowanych ponad 3000 razy. Uzyskała stypendia Austrian Science Fund, Human Frontier Science Program Organization, a także L’Oreal Polska dla Kobiet.

W swojej karierze naukowej zdobyła liczne prestiżowe granty. Kierowała projektami finansowanymi przez brytyjski Wellcome Trust, amerykański Howard Hughes Medical Institute, Polsko-Szwajcarski Program Badawczy, Narodowe Centrum Nauki, Fundację na rzecz Nauki Polskiej, Towarzystwo Maxa Plancka i Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Panelistka licznych agencji grantowych, w tym European Research Council. Członkini Rady Narodowego Centrum Nauki w latach 2016-2018, Polskiej Akademii Nauk, Europejskiej Organizacji Biologii Molekularnej (EMBO) oraz Academia Europaea.

Z radością informujemy, że nasz projekt zatytułowany RNA and Cell Biology - from Fundamental Research to Therapies, o akronimie RACE, został wybrany do finansowania w programie Teaming for Excellence w ramach Horizon Europe, z wynikiem oceny 14,5 na 15 punktów! Projekt ten znalazł się na pierwszym miejscu listy rankingowej spośród 31 projektów ocenionych w drugim etapie konkursu. Projekt RACE będzie trwał sześć lat i otrzyma finansowanie w wysokości prawie 15 mln euro.

Cel RACE jest zbieżny z ambitnymi planami rozwoju MIBMiK na najbliższe lata. Dzięki niemu Instytut stanie się światowej klasy Centrum Doskonałości w obszarze RNA i Biologii Komórki, łącząc wybitne osiągnięcia naukowe z profesjonalną działalnością komercyjną.

Projekt będzie koordynowany przez prof. Martę Miączyńską, Dyrektor MIBMiK i realizowany w ramach konsorcjum trzech instytutów: MIBMiK - koordynatora i głównego beneficjenta RACE oraz dwóch partnerów: Medical Research Council, Human Genetics Unit of the University of Edinburgh (UoE-MRC HGU) oraz Flanders Institute of Biotechnology (VIB) w Belgii.

Zarówno UoE-MRC HGU jak i VIB posiadają istotne doświadczenie, aby aktywnie wspierać Instytut w osiąganiu jego celów i wdrażaniu kluczowych działań projektu RACE, które obejmują: rekrutację nowych grup badawczych i poszerzanie współpracy z partnerami zewnętrznymi, szkolenie młodego pokolenia naukowców MIBMiK dla środowiska akademickiego i przemysłu, rozwój specjalistycznych pracowni badawczych, ustanowienie wewnętrznego systemowego wsparcia transferu technologii (ITechnology Incubator) i wreszcie - cyfryzację i modernizację procesów zarządzania i administracji.

Projekt RACE będzie finansowany w ramach programu HORYZONT-WIDERA-2022-ACCESS-01 dwuetapowego -Teaming for Excellence.

Teaming for Excellence jest częścią programu Widening participation and strengthening the European Research Area w ramach Horizon Europe. Program ten wspiera centra doskonałości, które powinny służyć jako wzorce do naśladowania, zarówno  w kraju jak i w regionie, do stymulowania nowych inwestycji i reform krajowych systemów badań i innowacji w krajach o niższym potencjale R&I.

Prof. Andrzej Dziembowski, Kierownik Laboratorium Biologii RNA - Grupa ERA Chairs, otrzymał Nagrodę Prezesa Rady Ministrów za wybitne osiągnięcia naukowe w 2021 roku. Serdecznie gratulujemy!

Prof. Dziembowski  został doceniony za badania nad poznaniem mechanizmów degradacji RNA w komórkach eukariotycznych oraz kontroli stabilności transkryptów będących efektem aktywności polimerazy RNA II w różnych tkankach i komórkach człowieka.

W uzasadnieniu podkreślono również znaczenie odkrycia, jakiego dokonał wraz z zespołem badawczym, dotyczącego roli oligourydylacji końców 3’ transkryptów elementów mobilnych i powtarzających się w genomie człowieka –LINE1, a także zidentyfikowanie i opisanie nowej rodziny polimeraz poli(A) TENT5 w genomie człowieka oraz wyjaśnienie ich funkcji.

W tym roku Nagrodami Prezesa Rady Ministrów uhonorowano 40 naukowców. Tradycyjnie nagrody przyznano w trzech kategoriach: (I) wybitna rozprawa doktorska, (II) wyróżnione osiągnięcia naukowe będące podstawą nadania stopnia doktora habilitowanego oraz najbardziej prestiżowa (III) za wybitne osiągnięcia naukowe, w tym twórczość artystyczną lub działalność wdrożeniową.

Badania strukturalne białek herpeswirusowych zaangażowanych w replikację DNA – to tytuł projektu dr Małgorzaty Figiel z Laboratorium Struktury Białka, na którego realizację otrzymała ona grant z funduszy Narodowego Centrum Nauki. Wysokość grantu wynosi 2 047 255 PLN i będzie on realizowany przez okres 4 lat. Serdecznie gratulujemy!

Celem projektu jest umożliwienie lepszego zrozumienia procesu replikacji DNA u herpeswirusów, które należą do jednych z najbardziej rozpowszechnionych patogenów występujących u ludzi. Co prawda, nie stanowią one większego zagrożenia dla osób zdrowych, ale mogą wywoływać ciężkie choroby u pacjentów z obniżoną odpornością.

Pomimo obszernych danych biochemicznych dotyczących białek replikacyjnych herpeswirusów, dotychczasowe rozumienie replikacji DNA w herpeswirusach jest nadal niepełne. Nie określono jeszcze struktur kilku z tych białek. Co więcej, nie wiadomo, w jaki sposób białka te są rekrutowane do widełek replikacyjnych i jak sprzężona jest synteza obu nici DNA. Ponadto brakuje informacji strukturalnych o oddziaływaniach białek tworzących maszynerię replikacyjną HSV-1 między sobą i z ich substratami w postaci kwasów nukleinowych. Z tego powodu architektura kompletnego replisomu lub nawet jego części nadal pozostaje nieznana.

Zespół badawczy pod przewodnictwem dr Figiel planuje określić - przy użyciu mikroskopii krioelektronowej (cryo-EM) i krystalografii rentgenowskiej - struktury atomowe białek herpeswirusów, zaangażowanych w replikację DNA oraz ich kompleksów z odpowiednimi substratami (kwasami nukleinowymi).

Jak dodaje dr Figiel – powyższe badania strukturalne będą uzupełnione eksperymentami biochemicznymi.  – Na podstawie struktur i danych biochemicznych pokażemy, jak działa replisom herpeswirusów oraz jak regulowana i koordynowana jest aktywność jego komponentów. Wyniki tego projektu będą cennym źródłem informacji dla przyszłych działań badawczych zmierzających do uzyskania nowych leków przeciw herpeswirusom – wyjaśnia dr Małgorzata Figiel.