Zebrafish, popularny organizm do badania rozwoju embrionalnego i modelowania chorób człowieka - posiada już program funkcjonalnej anotacji, podobny do tego, który funkcjonuje w innych modelach zwierzęcych.
Jesteśmy dumni z udziału naszego Instytutu w międzynarodowym konsorcjum DANIO-CODE, kierowanym przez profesorów Ferenca Muellera (University of Birmingham, Wielka Brytania), Borisa Lenharda (Imperial College London, Wielka Brytania) oraz Carstena Dauba (Karolinska Institutet, Szwecja).
DANIO-CODE to przedsięwzięcie, które powstało dzięki wspólnym wysiłkom całej naukowej społeczności międzynarodowej. Jego celem jest anotacja elementów funkcjonalnych w genomie zebrafish (Danio rerio), uznanego organizmu modelowego do badania rozwoju chorób.
Konsorcjum powstało, by stworzyć scentralizowane repozytorium danych z zakresu genomiki funkcjonalnej danio pręgowanego dla całej społeczności naukowej. Baza DANIO-CODE zawiera ponad 1800 opublikowanych i nieopublikowanych zestawów danych, poddanych ponownej analizie z użyciem ustandaryzowanych metod w celu poprawienia obecnej anotacji genomu danio pręgowanego. Wyniki pierwszego badania konsorcjum zostały opublikowane w Nature Genetics na początku lipca br. W publikacji tej Maciej Łapiński i Cecilia Winata z Laboratorium Genomiki Rozwoju Danio pręgowanego MIBMiK zostali wymienieni jako współautorzy. Ich zbiór danych dotyczących transkryptomu wczesnych zarodków danio pręgowanego przyczynił się do analiz, w których zidentyfikowano ponad 140 000 elementów cis-regulacyjnych wraz z ich aktywnością przestrzenno-czasową na przestrzeni rozwoju. Badacze scharakteryzowali również dynamikę zmian w konformacji chromatyny przyczyniających się do aktywności tych elementów regulacyjnych w różnych procesach zachodzących w trakcie rozwoju. Następnie odkryte zależności zostały porównane do znanych zależności w myszach (Mus musculus), co pozwoliło na ujawnienie ewolucyjnej konserwacji mechanizmów regulacji ekspresji genów między tymi gatunkami.
Pierwsza publikacja konsorcjum DANIO-CODE reprezentuje przełom w naukach biomedycznych z wielu przyczyn. Po pierwsze, bogate źródło anotacji genomu znacząco poprawi użyteczność danio pręgowanego - drugiego po myszy pod względem częstości wykorzystania w badaniach organizmu modelowego – w badaniu różnych aspektów biologii człowieka i chorób. Po drugie, zwiększenie dostępności danych o zmianach zachodzących w genomie danio pręgowanego w zależności od kontekstu biologicznego umożliwi porównywanie informacji między gatunkami. Ułatwi to interpretację wyników uzyskanych przy badaniach prowadzonych na danio pręgowanym i usprawni przenoszenie wyników tych badań do badań klinicznych. Wreszcie, ta publikacja tworzy podstawy dla przyszłych przedsięwzięć mających na celu poprawienie rozdzielczości anotacji funkcjonalnej genomu danio pręgowanego tak, aby zbliżyć się do zamknięcia luki w wiedzy między danio pręgowanym a ssakami wykorzystywanymi jako organizmy modelowe