Slide
EXSCALATE4CoV


Projekt pn.: EXSCALATE4CoV (E4C) ma na celu wykorzystanie najpotężniejszych zasobów obliczeniowych, znajdujących się aktualnie w Europie w celu wzmocnienia projektowania leków in-silico. Trzon projektu stanowi Exscalate (EXaSCalesmArtpLatform Against paThogEns), obecnie najmocniejsza inteligentna platforma superkomputerowa na świecie, opracowana przez Dompé. Exscalate (exscalate.eu) wykorzystuje „bibliotekę chemiczną” złożoną z 500 miliardów cząsteczek, a jej zdolność przetwarzania wynosi ponad 3 miliony cząsteczek na sekundę.

Rolą IIMCB jest przyspieszenie eksperymentalnej części projektu i określenie struktury białek koronawirusa w celu oceny podobieństw strukturalnych do innych białek wirusowwych. Badania strukturalne stanowią kluczowy etap w procesie opracowywania leków.

Projekt EXSCALATE4CoV jest realizowany dzięki działalniom Komisji Europejskiej, która pozyskała dodatkowe fundusze na badania nad opracowaniem, leczeniem i diagnostyką szczepionek COVID-19. Projekt rozpoczął się 1 kwietnia br. i potrwa do 30.09.2021 r

 

Podstawowe informacje:

  • Tytuł projektu: EXaSCalesmArtpLatform Against paThogEns for Corona Virus

  • Akronim projektu: EXSCALATE4CoV

  • Koordynator projektu: Andrea Beccari, Dompe

  • Kierownik projektu IIMCB: Marcin Nowotny, Laboratorium Struktury Białka

  • Kwota dofinansowania: ~ 3 mln €

  • Czas trwania projektu: 18 miesięcy

  • Konsorcjum: 18 partnerów

Konsorcjum E4C:

  1. Dompé Farmaceutici SPA

  2. Politecnico di Milano (Dept. of Electronics, Information and Bioengineering),

  3. Consorzio Interuniversitario CINECA (Supercomputing Innovation and Applications),

  4. Università degli Studi di Milano (Pharmaceutical science Department),

  5. Katholieke Universiteit Leuven,

  6. International Institute Of Molecular And Cell Biology In Warsaw (IIMCB),

  7. Electra Italian Crystallographic Association,

  8. Fraunhofer Institute for Molecular Biology and Applied Ecology,

  9. Barcelona Supercomputing Centre,

  10. Forschungszentrum Jülich,

  11. Università degli Studi di Napoli Federico II,

  12. Università degli Studi di Cagliari,

  13. SIB Swiss Institute of Bioinformatics,

  14. KTH Royal Institute of Technology (Department of Applied Physics),

  15. Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN),

  16. Associazione BigData,

  17. Istitutonazionale per le malattie infettive Lazzaro Spallanzani,

  18. Chelonia Applied Science.

 

 

www.exscalate4cov.eu

 

NAJNOWSZE INFORMACJE: 

3.EU logo  This project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 101003551. 

 

 

Slide
Okres realizacji projektu
Budżet całkowity
01.04.2020-30.09.2021
0
0
0 PLN

Poznaj prace naukowe wyłonione w konkursie Best Papers Awards – wewnętrznym konkursie Instytutu, wyróżniającym najlepsze publikacje na podstawie ich wartości merytorycznej i znaczenia.

 

1. Re-adenylation by TENT5A enhances efficacy of SARS-CoV-2 mRNA vaccines

Autorzy: S. Krawczyk P, Mazur M, Orzeł W, Gewartowska O, Jeleń S, Antczak W, Kasztelan K, Brouze A, Matylla-Kulińska K, Gumińska N, Tarkowski B, P. Owczarek E, Affek K, Turowski P, Tudek A, Sroka M, Śpiewla T, Kusio-Kobiałka M, Wesołowska A, Nowis D, Golab J, Kowalska J, Jemielity J, Dziembowski A*, Mroczek S*
Czasopismo: Nature
Link: Re-adenylation by TENT5A enhances efficacy of SARS-CoV-2 mRNA vaccines | Nature

2. Liver sinusoidal endothelial cells constitute a major route for hemoglobin clearance

Autorzy: Zurawska Z, Sas Z, Jończy A, Mahadeva R, Slusarczyk P, Chwałek M, Seehofer D, Georg Damm, Mazgaj R, Skórzyński M, Kulecka M, Rumieńczyk I, Moulin M, Jastrzębski K, Waldron K, Mikula M, Etzerodt A, Serwa R, Miączyńska M, P Rygiel T*, Mleczko-Sanecka K*
Czasopismo: EMBO Reports
Link: Liver sinusoidal endothelial cells constitute a major route for hemoglobin clearance | EMBO Reports | Springer Nature Link

3. Activity and structure of human (d)CTP deaminase CDADC1

Autorzy: Slyvka A*, Rathore I, Yang R, Gewartowska O, Kanai T, T. Lountos G, Skowronek K, Czarnocki-Cieciura M, Wlodawer A*, Matthias Bochtler*
Czasopismo: PNAS
Link:Activity and structure of human (d)CTP deaminase CDADC1 | PNAS

3. Structural snapshots of the mechanism of ATP-dependent DNA damage recognition by UvrA

Autorzy: Nirwal S, Czarnocki-Cieciura M, Zajko W, Skowronek K, H. Szczepanowski R, Nowotny M*
Czasopismo: Nature Communications
Link: Structural snapshots of the mechanism of ATP-dependent DNA damage recognition by UvrA | Nature Communications

Autorzy oznaczeni pogrubioną czcionką, to osoby posiadające afiliację IIMCB. 

2024

1. TENT5-mediated polyadenylation of mRNAs encoding secreted proteins is essential for gametogenesis in mice.

Autorzy: Brouze M, Czarnocka-Cieciura A, Gewartowska O, Kusio-Kobiałka M, Jachacy K, Szpila M, Tarkowski B, Gruchota J, Krawczyk P, Mroczek S, Borsuk E, Dziembowski A
Czasopismo: Nature Communications
Link: https://www.nature.com/articles/s41467-024-49479-4

2. Pheromone-based animal communication influences the production of somatic extracellular vesicles in C. elegans.

Autorzy: Szczepańska A,* Olek K,* Kołodziejska K, Yu J, Ibrahim AT, Adamkiewicz L, Schroeder FC, Pokrzywa W, Turek M (* contributed equally)
Czasopismo: Nature Communications
Link: https://www.nature.com/articles/s41467-024-47016-x

3. Structure-functional characterization of Lactococcus AbiA phage defense system.

Autorzy: Gapińska M,* Zajko W,* Skowronek K, Figiel M, Krawczyk PS, Egorov AA, Dziembowski A, Johansson MJO, Nowotny M (* contributed equally)
Czasopismo: Nucleic Acids Research
Link: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkae230/7642066?login=true

3. scRNA-seq reveals the diversity of the developing cardiac cell lineage and molecular players in heart rhythm regulation.

Autorzy: Abu Nahia K, Sulej A, Migdał M, Ochocka N, Ho R, Kamińska B, Zagorski M, Winata CL
Czasopismo: iScience
Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589004224013087?via%3Dihub

 

2023

1. Mechanism of RecF–RecO–RecR cooperation in bacterial homologous recombination.

Autorzy: Nirwal S, Czarnocki-Cieciura M, Chaudhary A, Zajko W, Skowronek K, Chamera S, Figiel M, Nowotny M.
Czasopismo: Nature Structural & Molecular Biology
Link: https://www.nature.com/articles/s41594-023-00967-z

2. Impaired iron recycling from erythrocytes is an early hallmark of aging.

Autorzy: Slusarczyk P, Mandal PK, Zurawska G, Niklewicz M, Chouhan K, Mahadeva R, Jończy A, Macias M, Szybinska A, Cybulska-Lubak M, Krawczyk O, Herman S, Mikula M, Serwa R, Lenartowicz M, Pokrzywa W, Mleczko-Sanecka K.
Czasopismo: eLife
Link: https://elifesciences.org/articles/79196

3. Lysine deserts and cullin-RING ligase receptors: Navigating untrodden paths in proteostasis.

Autorzy: Szulc NA, Piechota M, Biriczova L, Thapa P, Pokrzywa W.
Czasopismo: iScience
Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589004223024215

 

2022

1. Structural basis of transposon end recognition explains central features of Tn7 transposition systems.

Autorzy: Kaczmarska Z, Czarnocki-Cieciura M, Górecka-Minakowska KM, Wingo RJ, Jackiewicz J, Zajko W, Poznański JT, Rawski M, Grant T, Peters JE, Nowotny M.
Czasopismo:  Molecular Cell
Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276522004397?via%3Dihub

2. A heterotypic assembly mechanism regulates CHIP E3 ligase activity.

Autorzy: Das A, Thapa P, Santiago U, Shanmugam N, Banasiak K, Dąbrowska K, Nolte H, Szulc NA, Gathungu RM, Cysewski D, Krüger M, Dadlez M, Nowotny M, Camacho CJ, Hoppe T, Pokrzywa W.
Czasopismo: The EMBO Journal
Link: https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/embj.2021109566

3. Adar-mediated A-to-I editing is required for embryonic patterning and innate immune response regulation in zebrafish.

Autorzy: Niescierowicz K, Pryszcz L, Navarrete C, Tralle E, Sulej A, Abu Nahia K, Kasprzyk ME, Misztal K, Pateria A, Pakuła A, Bochtler M, Winata C.
Czasopismo: Nature Communications
Link: https://www.nature.com/articles/s41467-022-33260-6

 

2021 

1. The GAS6-AXL signaling pathway triggers actin remodeling that drives membrane ruffling, macropinocytosis, and cancer-cell invasion.

Autorzy: Zdżalik-Bielecka D, Poświata A, Kozik K, Jastrzębski K, Schink KO, Brewińska-Olchowik M, Piwocka K, Stenmark H, Miączyńska M.
Czasopismo: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)
Link: https://www.pnas.org/content/118/28/e2024596118.long

2. Global view on the metabolism of RNA poly(A) tails in yeast Saccharomyces cerevisiae.

Autorzy: Tudek A, Krawczyk PS, Mroczek S, Tomecki R, Turtola M, Matylla-Kulińska K, Jensen TH, Dziembowski A.
Czasopismo: Nature Communications
Link: https://www.nature.com/articles/s41467-021-25251-w 

3. Cytoplasmic polyadenylation by TENT5A is required for proper bone formation.

Autorzy: Gewartowska O, Aranaz-Novaliches G, Krawczyk PS, Mroczek S, Kusio-Kobiałka M, Tarkowski B, Spoutil F, Benada O, Kofroňová O, Szwedziak P, Cysewski D, Gruchota J, Szpila M, Chlebowski A, Sedlacek R, Prochazka J, Dziembowski A.
Czasopismo:  Cell Reports
Link: https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(21)00329-6?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS2211124721003296%3Fshowall%3Dtrue

2020

1. Genome-wide mapping of SARS-CoV-2 RNA structures identifies therapeutically-relevant elements.  

Autorzy: Manfredonia I, Nithin C, Ponce-Salvatierra A, Ghosh P, Wirecki TK, Marinus T, Ogando NS, Snijder EJ, van Hemert MJ, Bujnicki JM. Incarnato D.
Czasopismo: Nucleic Acids Research
Link: https://academic.oup.com/nar/article/48/22/12436/5961787

2. Origins of the increased affinity of phosphorothioate-modified therapeutic nucleic acids for proteins.

Autorzy: Hyjek-Składanowska M, Vickers T, Napiórkowska A, Anderson B, Tanowitz M, Crooke ST, Liang XH, Seth PP, Nowotny M.
Czasopismo: Journal of the American Chemical Society
Link: https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jacs.9b13524# 

3. Splicing variation of BMP2K balances abundance of COPII assemblies and autophagic degradation in erythroid cells.

Autorzy: Cendrowski J, Kaczmarek M, Mazur M, Kuzmicz-Kowalska K, Jastrzebski K, Brewinska-Olchowik M, Kominek A, Piwocka K, Miaczynska M.
Czasopismo:  eLife
Link: https://elifesciences.org/articles/58504

2019 

1. Synthetic lethality between VPS4A and VPS4B triggers an inflammatory response in colorectal cancer.

Autorzy: Szymańska E, Nowak P, Kolmus K, Cybulska M, Goryca K, Derezińska-Wołek E, Szumera-Ciećkiewicz A, Brewińska-Olchowik M, Grochowska A, Piwocka K, Prochorec-Sobieszek M, Mikula M, Miączyńska M.
Czasopismo: EMBO Molecular Medicine
Link: https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/emmm.201910812

2. TrkB hyperactivity contributes to brain dysconnectivity, epileptogenesis, and anxiety in zebrafish model of Tuberous Sclerosis Complex.

Autorzy: Kedra M, Banasiak K, Kisielewska K, Wolinska-Niziol L, Jaworski J, Zmorzynska J.
Czasopismo: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)
Link: https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1910834117

3. RuvC uses dynamic probing of the Holliday junction substrate to achieve sequence specificity and efficient resolution.

Autorzy: Górecka KM, Krepl M, Szlachcic A, Poznański J, Šponer J, Nowotny M.
Czasopismo:  Nature Communications
Link: https://www.nature.com/articles/s41467-019-11900-8

Dodatkowe informacje

Zarządzenie nr 5/2023 w sprawie wprowadzenia regulaminu konkursu „Best Papers Awards”

Informacja dodatkowa

Informacja dodatkowa

Informacja dodatkowa 2024

Informacja Dodatkowa Konkurs „Best Papers Awards” 2025

 

senior researchers

 

Rada Starszych Badaczy (Senior Researchers Council) zrzesza badaczy i starszych badaczy ze wszystkich laboratoriów w MIBMiK. Jej głównym celem jest ułatwianie prac badawczych, osiąganie krótko- i długoterminowych celów naukowych oraz rozwój kariery członków grupy. Rada Starszych Badaczy również angażuje się i wspiera komunikację między naukowcami z władzami instytutu. 

 

 

Przedstawiciele:

Ewa Liszewska: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

Mariusz Czarnocki-Cieciura: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

Instytucjonalna Polityka Otwartości

old outllook                                                                      



new outllook 

IIMCB organizational structure 2021


Members

IAB 1 

Walter Chazin
Vanderbilt University, USA
Chair of the Board 

  IAB 8

Artur Jarmołowski
Adam Mickiewicz University, Poland 
 IAB 2

Thomas Braun
Max Planck Institute for Heart and
Lung Research, Germany

  IAB 9

Caroline Kisker
University of Würzburg, Germany
 IAB 3

Bernd Bukau
University of Heidelberg, Germany

 

  IAB 10

Peter Sicinski
Harvard Medical School, USA
 IAB 4

Jo Bury
Flanders Institute for Biotechnology, Belgium

  IAB 11

Lilianna Solnica-Krezel
Washington University School
of Medicine, USA
 IAB 5  

Aaron Ciechanover
Technion - Israel Institute of Technology, Israel

  IAB 12

Anne Spang
University of Basel, Switzerland
 IAB 6

Urszula Hibner
Institute of Genetics and Molecular
Medicine, France

  IAB 13

Barry Stoddard
Fred Hutchinson Cancer
Research Center, USA
 IAB 7

Reinhard Jahn
Max Planck Institute for Biophysical
Chemistry, Germany

    

 

Permanent Advisor

 IAB Azzi

Angelo Azzi
Tufts University, USA 

International Advisory Board Remote Meeting 2021

International Advisory Board and IIMCB Directors 2021

                                                    International Advisory Board and IIMCB Directors

 

 

Letter of support for Dr. Czeredys by Prof. Park

Letter of support for Dr. Czeredys by Dr. Balmus

 

 All useful doctoral school documents can be found here: Warsaw-4-Phd/Documents

eduroam®

Visitors from eduroam-affiliated institutions may use the eduroam network that is now available at IIMCB in Warsaw.

There is no need for additional configuration of your mobile device if it was provisioned at your primary institution also being a member of the eduroam alliance.

Legal and regulatory information: Wyciąg z regulaminu Eduroam / Excerpt from Eduroam terms of usage

Wi-Fi Range:

  • eduroam Wi-Fi is available on-site on all floors of the Institute building

Connection parameters:

  • Network name: eduroam
  • Credentials: Single-Sign-On: <username>@iimcb.gov.pl> or similar for visiting guests
  • Encryption: WPA2-Enterprise (802.1x)
  • Cipher: CCMP
  • Authentication: TTLS+MSCHAPv2 / PEAP+MSCHAPv2
  • Client certificates: not required (for IIMCB users)
  • Server certificates: preinstalled (for IIMCB users) / do not validate (*1),

Installers:

qr eduroam cat
https://cat.eduroam.org/?idp=6012

Configuration instructions:

To set up the connection manually, follow these instructions:


(*1) - until tested further