Badamy RNA nie tylko jako nośnik informacji genetycznej, lecz także jako dynamiczne cząsteczki, które aktywnie kształtują procesy biologiczne na poziomie molekularnym. Traktujemy RNA jak złożoną układankę, w której każdy element dostarcza wskazówek na temat jego różnorodnych funkcji - od katalizy reakcji chemicznych po regulację procesów komórkowych. Korzystając z zaawansowanych modeli obliczeniowych oraz technik doświadczalnych, analizujemy struktury i oddziaływania RNA, zwłaszcza z białkami i małymi cząsteczkami chemicznymi.
Podsumowanie badań
Nasze badania koncentrują się na opracowywaniu i zastosowaniach nowych metod wyznaczania struktur RNA oraz modelowania oddziaływań RNA z innymi cząsteczkami. Łączymy przewidywania komputerowe z analizami doświadczalnymi, aby lepiej zrozumieć rolę RNA w procesach biologicznych. Takie podejście wnosi istotny wkład do biologii molekularnej, bioinformatyki i biologii strukturalnej.
Opracowane przez nas narzędzia obliczeniowe, w tym ModeRNA i SimRNA, są szeroko wykorzystywane przez badaczy na całym świecie. Badamy trójwymiarowe struktury RNA pochodzące z wirusów, bakterii i komórek ludzkich, ze szczególnym uwzględnieniem cząsteczek, które mogą stać się celami dla małych związków chemicznych. Nasze prace realizujemy w ścisłej współpracy z zespołami badawczymi i partnerami z Polski oraz z zagranicy.
Wpływ naukowy
- Opracowanie narzędzi do modelowania struktur RNA oraz ich oddziaływań z małymi cząsteczkami chemicznymi.
- Rozwój bazy MODOMICS, która w r. 2025 obchodziła 20-lecie istnienia
- Udział w międzynarodowym konsorcjum Human RNome Project.
- Rozszerzenie bazy MODOMICS o tysiące sekwencji ludzkich transkryptów z mapowanymi modyfikacjami RNA.
- Opracowanie nowych narzędzi obliczeniowych do porównywania trójwymiarowych struktur kwasów nukleinowych i identyfikacji motywów strukturalnych.
- Wyznaczanie struktur 3D różnorodnych cząsteczek RNA z wykorzystaniem mikroskopii krioelektronowej połączonej z modelowaniem obliczeniowym.
Plany badawcze
Naszym celem jest pogłębianie wiedzy o strukturze i funkcji RNA, zwłaszcza poprzez badania cząsteczek o potencjalnym znaczeniu terapeutycznym. Rozwijane przez nas metody obliczeniowe, integrowane z badaniami dświadczalnymi, mają wspierać zarówno postęp badań podstawowych, jak i przyszłe zastosowania praktyczne. Długofalowo chcemy, aby nasze prace przyczyniały się do rozwoju wiedzy naukowej oraz do powstawania rozwiązań istotnych dla medycyny i biotechnologii.
Współprace
- Mikroskopia krioelektronowa i struktura RNA: S. Glatt (Polska/Austria), Z. Su (Chiny).
- Dichroizm kołowy (CD) i spektroskopia FTIR RNA: V. Arluison, F. Wien (Francja).
- Modyfikacje RNA: Human RNome Project Consortium.
- Porównywanie struktur RNA: E. F. Baulin (Polska).
Komentarz
"Naszym celem jest wyznaczanie struktur i oddziaływań RNA oraz projektowanie nowych cząsteczek o funkcjach istotnych dla medycyny i biotechnologii. Łączymy mikroskopię krioelektronową z badaniami biochemicznymi i modelowaniem obliczeniowym, aby wyznaczać struktury przestrzenne różnorodnych cząsteczek RNA. Opracowaliśmy nowe narzędzia obliczeniowe do porównywania trójwymiarowych struktur kwasów nukleinowych i identyfikacji motywów. Z okazji 20-lecia MODOMICS w roku 2025 znacząco rozszerzyliśmy bazę danych, dodając tysiące sekwencji ludzkich transkryptów z mapowanymi modyfikacjami RNA, i kontynuujemy ten wysiłek we współpracy z konsorcjum Human RNome Project" - mówi prof. Janusz M. Bujnicki.
Ustalenie struktury 3D i dynamiki RNA z zastosowaniem metod obliczeniowych i doświadczalnych — na przykładzie regionu 5′ genomu RNA wirusa SARS-CoV-2.
(Ilustracja: dr Tales Rocha de Moura.)
Odwiedź stronę internetową Laboratorium, aby dowiedzieć się więcej: https://genesilico.pl/ (ang.)
Publikacje i preprinty tej grupy badawczej
Przeglądaj publikacje →  |
prof. dr hab. Janusz M. BujnickiAdres korespondencyjny: |
STOPNIE I TYTUŁY NAUKOWE
2009 – tytuł profesora nauk biologicznych, nadany przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej
2005 – doktor habilitowany w dziedzinie biochemii, Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk, Warszawa
2001 – doktor nauk biologicznych, Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego
1998 – magister mikrobiologii, Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego
DOŚWIADCZENIE ZAWODOWE
2002–obecnie – profesor, kierownik Laboratorium Bioinformatyki i Inżynierii Białka, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, Polska (wymiar zatrudnienia: 100%)
2019–obecnie – doradca naukowy, Sieć Badawcza Łukasiewicz – PORT Polski Ośrodek Rozwoju Technologii (wymiar zatrudnienia: 25%)
2006–2020 – profesor nadzwyczajny, Laboratorium Bioinformatyki, Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
2010–2011 – zastępca dyrektora Międzynarodowego Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie (funkcja pełniona przez rok w systemie rotacyjnym)
2008 – profesor wizytujący, Uniwersytet Tokijski, Japonia (pobyt w ramach urlopu naukowego)
2004–2006 – adiunkt, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
2001 – naukowiec wizytujący, National Center for Biotechnology Information, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA
1999–2002 – pracownik naukowy, Laboratorium Bioinformatyki, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie
1998–2000 – starszy asystent naukowy, Henry Ford Hospital, Detroit, Michigan, USA
WYBRANE FUNKCJE I CZŁONKOSTWA
2019–2022 – członek Komisji Ewaluacji Nauki, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2020 – członek Zespołu Doradczego ds. Zapobiegania, Przeciwdziałania i Zwalczania COVID-19, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2019–obecnie – członek Rady Uczelni Uniwersytetu Warszawskiego; przewodniczący w latach 2019–2020
2018–obecnie – członek Academia Europaea
2018–obecnie – członek Europejskiej Organizacji Biologii Molekularnej (EMBO)
2017–obecnie – członek European Science Advisors Forum
2016–obecnie – członek korespondent Polskiej Akademii Nauk
2016–2017 – członek Rady Narodowego Kongresu Nauki
2015–2020 – członek Grupy Głównych Doradców Naukowych w ramach Mechanizmu Doradztwa Naukowego Komisji Europejskiej
2014–2018 – członek Komitetu Polityki Naukowej przy Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2013–obecnie – redaktor wykonawczy czasopisma „Nucleic Acids Research”
2013–2016 – członek Komitetu Naukowego Innovative Medicines Initiative
2013–2015 – członek Komitetu Naukowego ds. Nauk o Życiu, Środowisku i Ziemi (LEGS), Science Europe
2011–2016 – członek Akademii Młodych Uczonych Polskiej Akademii Nauk
2007–obecnie – członek Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego; członek założyciel, wiceprezes w latach 2007–2010, prezes w latach 2011–2013
2007–obecnie – członek RNA Society
2001–obecnie – członek International Society for Computational Biology; Senior Member od 2015 r.
WYBRANE NAGRODY I STYPENDIA
2019 – André Mischke Young Academy of Europe Prize for Science and Policy; odznaka honorowa „Za Zasługi dla Wynalazczości”, nadana przez Prezesa Rady Ministrów na wniosek Urzędu Patentowego Rzeczypospolitej Polskiej
2019 – nagroda za osiągnięcia organizacyjne, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2017 – Nagroda Kryształowej Brukselki
2015 – Nagroda im. Jana Karola Parnasa Polskiego Towarzystwa Biochemicznego
2014 – Nagroda Narodowego Centrum Nauki za wybitne osiągnięcia naukowe
2014 – Nagroda MISTRZ Fundacji na rzecz Nauki Polskiej
2014 – Nagroda Prezesa Rady Ministrów za wybitne osiągnięcia naukowe
2014 – wyróżnienie jako jeden z „25 liderów na kolejne 25 lat” przyznane przez magazyn „Teraz Polska” Fundacji Polskiego Godła Promocyjnego
2014 – Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski
2014 – nagroda w kategorii Nauka w ogólnopolskim plebiscycie „Polacy z werwą”
2013 – grant ERC Proof of Concept
2012 – nagroda za wybitne osiągnięcia naukowe, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2010 – grant ERC Starting Grant na lata 2011–2015
2009 – stypendium dla wybitnych młodych naukowców Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2009 – nagroda za osiągnięcia naukowe, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2006 – Nagroda Prezesa Rady Ministrów za rozprawę habilitacyjną
2006 – Nagroda dla Młodego Naukowca w dziedzinie biologii strukturalnej i ewolucyjnej, przyznana przez akademie nauk państw Grupy Wyszehradzkiej
2003, 2004 – stypendium START dla młodych naukowców Fundacji na rzecz Nauki Polskiej
2002–2005 – EMBO/HHMI Young Investigator Award
2002 – nagroda Polskiego Towarzystwa Genetycznego za najlepszą polską publikację z zakresu genetyki opublikowaną w 2002 r.
2001 – nagroda Polskiego Towarzystwa Biochemicznego i firmy Sigma-Aldrich za najlepszą polską publikację z zakresu biochemii kwasów nukleinowych opublikowaną w 2000 r.
DOKTORATY OBRONIONE POD NADZOREM KIEROWNIKA LABORATORIUM
A. Żylicz-Stachula, A. Chmiel, I. Cymerman, A. Czerwoniec, M. Gajda, M. Pawłowski, J. Sasin-Kurowska, J. Kosiński, A. Obarska-Kosińska, S. Pawlak, E. Purta, K. Tkaczuk, Ł. Kościński, M.Rother, W. Potrzebowski, I. Korneta, T. Puton, J. Kasprzak, I. Tuszyńska, Ł. Kozłowski, M. Werner, A. Kamaszewska, A. Philips, K. Milanowska, M. Piętal, D. Matelska, K. Majorek, M. Domagalski, T. Osiński, M. Machnicka, M. Magnus, K. Szczepaniak, M. Zielińska, Astha, I. Foik, D. Toczydłowska-Socha.
Group Members
Kierownik laboratorium
Prof. dr hab. Janusz M. Bujnicki
Starsi badacze
dr Elżbieta Purta; dr hab. Filip Stefaniak; dr Tales Rocha de Moura
Postdokowie
dr Gregory Nikolaev; dr Rui João Loureiro
Programiści
dr Masoud Amiri Farsani; mgr Seyed Naeim Moafinejad
Asystenci ds. badań
mgr Agata Bernat; mgr Dominik Sordyl; mgr Anastasiya Shavina
Technik ds. badań
Iwona Ptasiewicz
Specjalista ds. wsparcia laboratorium
mgr Katarzyna Grzelak
Studenci
lic. Zuzanna Lubas; lic. Zuzanna Stasiak; lic. Klaudia Bodych
Wolontariusze
dr Satyabrata Maiti; dr Sunandan Mukherjee; dr Kuntal Mondal; dr. Angad Sharma