Badamy RNA: nie tylko jako nośnik informacji genetycznej, lecz także jako cząsteczki aktywnie wpływające na procesy biologiczne na poziomie molekularnym. Traktujemy cząsteczki RNA jak układanki, w których każdy element dostarcza wskazówek na temat zróżnicowanych funkcji – od katalizy reakcji chemicznych po rolę regulatora w komórce. Korzystając z zaawansowanych modeli obliczeniowych oraz metod doświadczalnych, analizujemy złożoną strukturę cząsteczek RNA i ich oddziaływania, zwłaszcza z białkami i małymi cząsteczkami chemicznymi.
Podsumowanie badań
Nasze badania koncentrują się na opracowywaniu i zastosowaniach nowych metod do wyznaczania struktur RNA oraz modelowania oddziaływań z innymi cząsteczkami, łącząc przewidywania komputerowe z analizami doświadczalnymi. Takie podejście jest kluczowe dla lepszego zrozumienia roli RNA w procesach biologicznych i wnosi istotny wkład do biologii molekularnej, bioinformatyki i biologii strukturalnej. Nasze narzędzia obliczeniowe, jak ModeRNA i SimRNA, są szeroko wykorzystywane przez badaczy na całym świecie. Badamy trójwymiarowe struktury RNA pochodzące z wirusów, bakterii i komórek ludzkich, skupiając się zwłaszcza na takich, które mogą stać się celami dla małych cząsteczek chemicznych. Nasze prace realizujemy we współpracy z różnymi zespołami badawczymi oraz partnerami z przemysłu z Polski i zza granicy.
Wpływ naukowy
- Opracowanie narzędzi do modelowania struktury cząsteczek RNA i ich oddziaływań z małymi cząsteczkami chemicznymi
- Ustalenie struktur RNA pochodzenia wirusowego i bakteryjnego (np. w genomach koronawirusów)
- Współpraca z firmą Molecure w zakresie walidacji narzędzi wspierających odkrywanie leków (w kierunku hamowania biosyntezy białek związancyh z nowotworami)
Plany badawcze
Naszym celem jest pogłębienie wiedzy o strukturze i funkcji RNA, w szczególności poprzez badania cząsteczek o potencjalnym znaczeniu terapeutycznym. Rozwijane przez nas metody obliczeniowe, zintegrowane z badaniami doświadczalnymi, przyczyniają się zarówno do postępu badań podstawowych, jak i przyszłych zastosowań praktycznych, z korzyścią dla nauki i zdrowia publicznego.
Współprace
- Mikroskopia krioelektronowa (cryo-EM) oraz struktura RNA: S. Glatt (Polska), Z. Su (Chiny)
- Dynamika RNA i mikroskopia sił atomowych (AFM): F. Moreno-Herrero (Hiszpania)
- Dichroizm kołowy (CD) i spektroskopia FTIR RNA: V. Arluison, F. Wien (Francja)
- Leki celujące w RNA: Molecure (Polska)
Komentarz
„Naszym celem jest ustalanie struktur i oddziaływań RNA oraz projektowanie nowych cząsteczek z funkcjami o potencjalne aplikacyjnym w medycynie i biotechnologii” – mówi prof. Janusz Bujnicki.
Ustalenie struktury 3D i dynamiki RNA z zastosowaniem metod obliczeniowych i doświadczalnych — na przykładzie regionu 5′ genomu RNA wirusa SARS-CoV-2.
Odwiedź stronę internetową Laboratorium, aby dowiedzieć się więcej: https://genesilico.pl/ (strona w j. ang)
Ta grupa ma 381 publikacji i preprintów.
Przeglądaj publikacje → 
Kierownik laboratorium:
-
Prof. dr hab. Janusz M. Bujnicki,
Starsi badacze:
-
dr Elżbieta Purta
-
dr Filip Stefaniak
Postdocy:
-
dr Sunandan Mukherjee
-
dr Tales Rocha de Moura
-
dr Satyabrata Maiti
-
dr Gregory Nikolaev
-
dr Rui João Loureiro
-
dr Kuntal Mondal
Asystenci ds. badań:
-
mgr Agata Bernat
-
mgr Dominik Sordyl
Specjaliści ds. badań:
-
mgr Masoud Amiri Farsani
-
mgr Seyed Naeim Moafinejad
Doktoranci:
-
mgr Nagendar Goud Badepally
Starszy laborant:
-
Iwona Ptasiewicz (na niepełny etat)
Specjalista ds. wsparcia laboratorium:
-
mgr Katarzyna Grzelak
 |
Janusz M. Bujnicki, PhD, ProfessorCorrespondence address: |
DEGREES
2009 - Professor of Biological Sciences, nomination by the President of the Republic of Poland
2005 - DSc Habil in Biochemistry, Institute of Biochemistry and Biophysics, Polish Academy of Sciences, Warsaw, Poland
2001- PhD in Biology, University of Warsaw, Faculty of Biology, Poland
1998 - MSc in Microbiology, University of Warsaw, Faculty of Biology, Poland
PROFESSIONAL EXPERIENCE
2002-present - Professor, Head of Laboratory of Bioinformatics and Protein Engineering, International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw, Poland (100% appointment)
2019-present - Scientific Advisor, Łukasiewicz Research Network - PORT Polish Center for Technology Development (25% appointment)
2006-2020 - Associate Professor (extraordinarius), Bioinformatics Laboratory, Institute of Molecular Biology and Biotechnology, Adam Mickiewicz University, Poznań, Poland
2010-2011 - Deputy Director, International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw (1 year rolling position)
2008 - Visiting Professor, University of Tokyo, Japan(sabbatical)
2004-2006 - Assistant Professor, Adam Mickiewicz University, Poznań, Poland
2001 - Visiting Scientist, National Center for Biotechnology Information,National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA
1999-2002 - Research Scientist, Bioinformatics Laboratory, International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw, Poland
1998-2000 - Senior Research Assistant, Henry Ford Hospital, Detroit, Michigan, USA
SELECTED PROFESSIONAL AFFILIATIONS
2019-2022 - Member, Committee for Science Evaluation, Ministry of Science and Higher Education
2020 - Member, Advisory Group on Preventing, Counteracting and Combating COVID-19, Ministry of Science and Higher Education
2019-present - Member, University Council, University of Warsaw (Chairman, 2019-2020)
2018-present - Member, Academia Europaea
2018-present - Member, European Molecular Biology Organization
2017-present - Member, European Science Advisors Forum
2016-present - Corresponding Member, Polish Academy of Sciences
2016-2017 - Member, Council of the National Science Congress
2015-2020 - Member, Group of Chief Scientific Advisors, European Commission’s Scientific Advice Mechanism
2014-2018 - Member, Scientific Policy Committee, Polish Ministry of Science and Higher Education
2013-present - Executive Editor, Nucleic Acids Research
2013-2016 - Member, Scientific Committee of the Innovative Medicines Initiative
2013-2015 - Member, Science Europe: Life, Environmental and Geo Sciences (LEGS) Scientific Committee
2011-2016 - Member, Polish Young Academy, Polish Academy of Sciences
2007-present - Member, Polish Bioinformatics Society (founding member; Vice-President, 2007-2010; President, 2011-2013)
2007-present - Member, RNA Society
2001-present - Member, International Society for Computational Biology (Senior Member, 2015-)
SELECTED AWARDS AND FELLOWSHIPS
2019 - André Mischke Young Academy of Europe Prize for Science and Policy Honorary Award "For Merits for Inventiveness," Prime Minister at the request of the Polish Patent Office
2019 - Award for Organizational Achievements, Ministry of Science and Higher Education
2017 - Crystal Brussels Sprout Award
2015 - Jan Karol Parnas Award of the Polish Biochemical Society
2014 - National Science Centre Award for outstanding scientific achievements
2014 -Master Award, Foundation for Polish Science
2014 - Prime Minister’s Award for outstanding scientific achievements
2014 - Selected as one of “25 leaders for the next 25 years” by Teraz Polska magazine of the Polish Promotional Emblem Foundation
2014 - Knight's Cross of the Order of Polonia Restituta
2014 - Award in the Science category of the national plebiscite “Poles with Verve”
2013 - ERC Proof of Concept Grant
2012 - Award for Outstanding Research Achievements, Ministry of Science and Higher Education
2010 - ERC Starting Grant (2011-2015)
2009 - Scholarship for Outstanding Young Scientists, Minister of Science and Higher Education
2009 - Award for Research Achievements, Ministry of Science and Higher Education
2006 - Prime Minister Award for habilitation thesis
2006 - Young Researcher Award in Structural and Evolutionary Biology, Visegrad Group Academies of Sciences
2003, 2004 - START Scholarship for Young Scientists, Foundation for Polish Science
2002-2005 - EMBO/HHMI Young Investigator Award
2002 - Award for best Polish genetics-related publication in 2002, Polish Genetics Society
2001 - Award for best Polish publication on nucleic acid biochemistry in 2000, Polish Biochemical Society and Sigma-Aldrich
DOCTORATES DEFENDED UNDER LAB LEADER’S SUPERVISION
A. Żylicz-Stachula, A. Chmiel, I. Cymerman, A. Czerwoniec, M. Gajda, M. Pawłowski, J. Sasin-Kurowska, J. Kosiński, A. Obarska-Kosińska, S. Pawlak, E. Purta, K. Tkaczuk, Ł. Kościński, M.Rother, W. Potrzebowski, I. Korneta, T. Puton, J. Kasprzak, I. Tuszyńska, Ł. Kozłowski, M. Werner, A. Kamaszewska, A. Philips, K. Milanowska, M. Piętal, D. Matelska, K. Majorek, M. Domagalski, T. Osiński, M. Machnicka, M. Magnus, K. Szczepaniak, M. Zielińska, Astha, I. Foik, D. Toczydłowska-Socha.