Badamy RNA nie tylko jako nośnik informacji genetycznej, lecz także jako dynamiczne cząsteczki, które aktywnie kształtują procesy biologiczne na poziomie molekularnym. Traktujemy RNA jak złożoną układankę, w której każdy element dostarcza wskazówek na temat jego różnorodnych funkcji - od katalizy reakcji chemicznych po regulację procesów komórkowych. Korzystając z zaawansowanych modeli obliczeniowych oraz technik doświadczalnych, analizujemy struktury i oddziaływania RNA, zwłaszcza z białkami i małymi cząsteczkami chemicznymi.
Podsumowanie badań
Nasze badania koncentrują się na opracowywaniu i zastosowaniach nowych metod wyznaczania struktur RNA oraz modelowania oddziaływań RNA z innymi cząsteczkami. Łączymy przewidywania komputerowe z analizami doświadczalnymi, aby lepiej zrozumieć rolę RNA w procesach biologicznych. Takie podejście wnosi istotny wkład do biologii molekularnej, bioinformatyki i biologii strukturalnej.
Opracowane przez nas narzędzia obliczeniowe, w tym ModeRNA i SimRNA, są szeroko wykorzystywane przez badaczy na całym świecie. Badamy trójwymiarowe struktury RNA pochodzące z wirusów, bakterii i komórek ludzkich, ze szczególnym uwzględnieniem cząsteczek, które mogą stać się celami dla małych związków chemicznych. Nasze prace realizujemy w ścisłej współpracy z zespołami badawczymi i partnerami z Polski oraz z zagranicy.
Wpływ naukowy
- Opracowanie narzędzi do modelowania struktur RNA oraz ich oddziaływań z małymi cząsteczkami chemicznymi.
- Rozwój bazy MODOMICS, która w r. 2025 obchodziła 20-lecie istnienia
- Udział w międzynarodowym konsorcjum Human RNome Project.
- Rozszerzenie bazy MODOMICS o tysiące sekwencji ludzkich transkryptów z mapowanymi modyfikacjami RNA.
- Opracowanie nowych narzędzi obliczeniowych do porównywania trójwymiarowych struktur kwasów nukleinowych i identyfikacji motywów strukturalnych.
- Wyznaczanie struktur 3D różnorodnych cząsteczek RNA z wykorzystaniem mikroskopii krioelektronowej połączonej z modelowaniem obliczeniowym.
Plany badawcze
Naszym celem jest pogłębianie wiedzy o strukturze i funkcji RNA, zwłaszcza poprzez badania cząsteczek o potencjalnym znaczeniu terapeutycznym. Rozwijane przez nas metody obliczeniowe, integrowane z badaniami dświadczalnymi, mają wspierać zarówno postęp badań podstawowych, jak i przyszłe zastosowania praktyczne. Długofalowo chcemy, aby nasze prace przyczyniały się do rozwoju wiedzy naukowej oraz do powstawania rozwiązań istotnych dla medycyny i biotechnologii.
Współprace
- Mikroskopia krioelektronowa i struktura RNA: S. Glatt (Polska/Austria), Z. Su (Chiny).
- Dichroizm kołowy (CD) i spektroskopia FTIR RNA: V. Arluison, F. Wien (Francja).
- Modyfikacje RNA: Human RNome Project Consortium.
- Porównywanie struktur RNA: E. F. Baulin (Polska).
Komentarz
"Naszym celem jest wyznaczanie struktur i oddziaływań RNA oraz projektowanie nowych cząsteczek o funkcjach istotnych dla medycyny i biotechnologii. Łączymy mikroskopię krioelektronową z badaniami biochemicznymi i modelowaniem obliczeniowym, aby wyznaczać struktury przestrzenne różnorodnych cząsteczek RNA. Opracowaliśmy nowe narzędzia obliczeniowe do porównywania trójwymiarowych struktur kwasów nukleinowych i identyfikacji motywów. Z okazji 20-lecia MODOMICS w roku 2025 znacząco rozszerzyliśmy bazę danych, dodając tysiące sekwencji ludzkich transkryptów z mapowanymi modyfikacjami RNA, i kontynuujemy ten wysiłek we współpracy z konsorcjum Human RNome Project" - prof. Janusz M. Bujnicki.
Ustalenie struktury 3D i dynamiki RNA z zastosowaniem metod obliczeniowych i doświadczalnych — na przykładzie regionu 5′ genomu RNA wirusa SARS-CoV-2.
(Ilustracja: dr Tales Rocha de Moura.)
Odwiedź stronę internetową Laboratorium, aby dowiedzieć się więcej: https://genesilico.pl/ (ang.)
Publikacje i preprinty tej grupy badawczej
Przeglądaj publikacje → 
Kierownik laboratorium
Prof. dr hab. Janusz M. Bujnicki
Starsi badacze
dr Elżbieta Purta
dr hab. Filip Stefaniak
dr Tales Rocha de Moura
Postdokowie
dr Gregory Nikolaev
dr Rui João Loureiro
Programiści
dr Masoud Amiri Farsani
mgr Seyed Naeim Moafinejad
Asystenci ds. badań
mgr Agata Bernat
mgr Dominik Sordyl
mgr Anastasiya Shavina
Technik ds. badań
Iwona Ptasiewicz
Specjalista ds. wsparcia laboratorium
mgr Katarzyna Grzelak
Studenci
lic. Zuzanna Lubas
lic. Zuzanna Stasiak
lic. Klaudia Bodych
Wolontariusze
dr Satyabrata Maiti
dr Sunandan Mukherjee
dr Kuntal Mondal
dr. Angad Sharma
 |
prof. dr hab. Janusz M. BujnickiAdres korespondencyjny: |
STOPNIE I TYTUŁY NAUKOWE
2009 – tytuł profesora nauk biologicznych, nadany przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej
2005 – doktor habilitowany w dziedzinie biochemii, Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk, Warszawa
2001 – doktor nauk biologicznych, Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego
1998 – magister mikrobiologii, Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego
DOŚWIADCZENIE ZAWODOWE
2002–obecnie – profesor, kierownik Laboratorium Bioinformatyki i Inżynierii Białka, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, Polska (wymiar zatrudnienia: 100%)
2019–obecnie – doradca naukowy, Sieć Badawcza Łukasiewicz – PORT Polski Ośrodek Rozwoju Technologii (wymiar zatrudnienia: 25%)
2006–2020 – profesor nadzwyczajny, Laboratorium Bioinformatyki, Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
2010–2011 – zastępca dyrektora Międzynarodowego Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie (funkcja pełniona przez rok w systemie rotacyjnym)
2008 – profesor wizytujący, Uniwersytet Tokijski, Japonia (pobyt w ramach urlopu naukowego)
2004–2006 – adiunkt, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
2001 – naukowiec wizytujący, National Center for Biotechnology Information, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA
1999–2002 – pracownik naukowy, Laboratorium Bioinformatyki, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie
1998–2000 – starszy asystent naukowy, Henry Ford Hospital, Detroit, Michigan, USA
WYBRANE FUNKCJE I CZŁONKOSTWA
2019–2022 – członek Komisji Ewaluacji Nauki, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2020 – członek Zespołu Doradczego ds. Zapobiegania, Przeciwdziałania i Zwalczania COVID-19, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2019–obecnie – członek Rady Uczelni Uniwersytetu Warszawskiego; przewodniczący w latach 2019–2020
2018–obecnie – członek Academia Europaea
2018–obecnie – członek Europejskiej Organizacji Biologii Molekularnej (EMBO)
2017–obecnie – członek European Science Advisors Forum
2016–obecnie – członek korespondent Polskiej Akademii Nauk
2016–2017 – członek Rady Narodowego Kongresu Nauki
2015–2020 – członek Grupy Głównych Doradców Naukowych w ramach Mechanizmu Doradztwa Naukowego Komisji Europejskiej
2014–2018 – członek Komitetu Polityki Naukowej przy Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2013–obecnie – redaktor wykonawczy czasopisma „Nucleic Acids Research”
2013–2016 – członek Komitetu Naukowego Innovative Medicines Initiative
2013–2015 – członek Komitetu Naukowego ds. Nauk o Życiu, Środowisku i Ziemi (LEGS), Science Europe
2011–2016 – członek Akademii Młodych Uczonych Polskiej Akademii Nauk
2007–obecnie – członek Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego; członek założyciel, wiceprezes w latach 2007–2010, prezes w latach 2011–2013
2007–obecnie – członek RNA Society
2001–obecnie – członek International Society for Computational Biology; Senior Member od 2015 r.
WYBRANE NAGRODY I STYPENDIA
2019 – André Mischke Young Academy of Europe Prize for Science and Policy; odznaka honorowa „Za Zasługi dla Wynalazczości”, nadana przez Prezesa Rady Ministrów na wniosek Urzędu Patentowego Rzeczypospolitej Polskiej
2019 – nagroda za osiągnięcia organizacyjne, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2017 – Nagroda Kryształowej Brukselki
2015 – Nagroda im. Jana Karola Parnasa Polskiego Towarzystwa Biochemicznego
2014 – Nagroda Narodowego Centrum Nauki za wybitne osiągnięcia naukowe
2014 – Nagroda MISTRZ Fundacji na rzecz Nauki Polskiej
2014 – Nagroda Prezesa Rady Ministrów za wybitne osiągnięcia naukowe
2014 – wyróżnienie jako jeden z „25 liderów na kolejne 25 lat” przyznane przez magazyn „Teraz Polska” Fundacji Polskiego Godła Promocyjnego
2014 – Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski
2014 – nagroda w kategorii Nauka w ogólnopolskim plebiscycie „Polacy z werwą”
2013 – grant ERC Proof of Concept
2012 – nagroda za wybitne osiągnięcia naukowe, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2010 – grant ERC Starting Grant na lata 2011–2015
2009 – stypendium dla wybitnych młodych naukowców Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2009 – nagroda za osiągnięcia naukowe, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2006 – Nagroda Prezesa Rady Ministrów za rozprawę habilitacyjną
2006 – Nagroda dla Młodego Naukowca w dziedzinie biologii strukturalnej i ewolucyjnej, przyznana przez akademie nauk państw Grupy Wyszehradzkiej
2003, 2004 – stypendium START dla młodych naukowców Fundacji na rzecz Nauki Polskiej
2002–2005 – EMBO/HHMI Young Investigator Award
2002 – nagroda Polskiego Towarzystwa Genetycznego za najlepszą polską publikację z zakresu genetyki opublikowaną w 2002 r.
2001 – nagroda Polskiego Towarzystwa Biochemicznego i firmy Sigma-Aldrich za najlepszą polską publikację z zakresu biochemii kwasów nukleinowych opublikowaną w 2000 r.
DOKTORATY OBRONIONE POD NADZOREM KIEROWNIKA LABORATORIUM
A. Żylicz-Stachula, A. Chmiel, I. Cymerman, A. Czerwoniec, M. Gajda, M. Pawłowski, J. Sasin-Kurowska, J. Kosiński, A. Obarska-Kosińska, S. Pawlak, E. Purta, K. Tkaczuk, Ł. Kościński, M.Rother, W. Potrzebowski, I. Korneta, T. Puton, J. Kasprzak, I. Tuszyńska, Ł. Kozłowski, M. Werner, A. Kamaszewska, A. Philips, K. Milanowska, M. Piętal, D. Matelska, K. Majorek, M. Domagalski, T. Osiński, M. Machnicka, M. Magnus, K. Szczepaniak, M. Zielińska, Astha, I. Foik, D. Toczydłowska-Socha.