.
![]() |
Prof. dr hab. Marcin NowotnyDane teleadresowe: |
STOPNIE NAUKOWE
2020 - Profesor nauk biologicznych, tytuł przyznany przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej
2013 - Doktor habilitowany biologii molekularnej, Instytut Biochemii i Biofizyki PAN, Warszawa, Polska
2002 - Doktorat z biochemii (dyplom z wyróżnieniem), Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN, Warszawa, Polska (promotor: Jacek Kuźnicki)
1998 - Magister chemii organicznej i biochemii, Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski, Polska
PRACA ZAWODOWA
2025-obecnie - Zastępca Dyrektora ds. Naukowych, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, Polska
2008-obecnie - Profesor, Kierownik Laboratorium Struktury Białka, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, Polska
2017-2019 - Współzałożyciel i Dyrektor Naukowy ProBiostructures, centrum usług badawczych dla przemysłu farmaceutycznego, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, Polska
2016-2018 - Zastępca Dyrektora ds. Naukowych, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, Polska
SZKOLENIE PODOKTORSKIE
2003-2008 - Stypendysta podoktorancki, Laboratorium pod kierownictwem dr Wei Yang, National Institute of Diabetes Digestive and Kidney Disease, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA
CZŁONKOSTWA, NAGRODY, NAJWAŻNIEJSZE GRANTY
2022 - Nagroda Fundacji na rzecz Nauki Polskiej
2019 - Członek Europejskiej Organizacji Biologii Molekularnej (EMBO)
2019 - Członek, Academia Europaea
2018 - Członek Komitetu Polityki Naukowej, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Polska (w roku 2020, jako przewodniczący)
2018 - MAESTRO, Narodowe Centrum Nauki
2016 - TEAM, Fundacja na rzecz Nauki Polskiej
2015 - Nagroda im. Jana Karola Parnasa za najlepszą polską publikację biochemiczną (z grupą prof. Janusza M. Bujnickiego)
2013 - Stypendium Burgena, Academia Europaea
2013 - Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski
2012 - Nagroda Prezesa Rady Ministrów za osiągnięcia naukowe
2012 - Nagroda im. Jana Karola Parnasa za najlepszą polską publikację biochemiczną
2012 - International Early Senior Research Fellowship, Wellcome Trust (odnowienie)
2012 - Nagroda dla naukowców na początku kariery, Instytut Medyczny Howarda Hughesa
2011 - ERC Starting Grant (2012-2017)
2007 - EMBO Installation Grant
2007 - International Early Senior Research Fellowship, Wellcome Trust
2003 - Nagroda Prezesa Rady Ministrów za pracę doktorską
2001, 2002 - Stypendium START dla młodych naukowców, Fundacja na rzecz Nauki Polskiej
DOKTORATY OBRONIONE POD KIERUNKIEM KIEROWNIKA LABORATORIUM
M. Jaciuk, M. Miętus, M. Czarnocki-Cieciura, M. Śmietański, M. Rażew, S. Chamera, M. Gapińska, D. Malik
2025
From discovery to potential application: engineering a novel M23 peptidase to combat Listeria monocytogenes.
Kaus-Drobek M, Nowacka M, Gewartowska M, Korzeniowska Nee Wiweger M, Jensen MR, Møretrø T, Heir E, Nowak E, Sabała I.
Sci Rep. 2025
Activity and structure of human (d)CTP deaminase CDADC1.
Slyvka A, Rathore I, Yang R, Gewartowska O, Kanai T, Lountos GT, Skowronek K, Czarnocki-Cieciura M, Wlodawer A, Bochtler M.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2025
Tailoring Alkyl Side Chains of Ionizable Amino-Polyesters for Enhanced In Vivo mRNA Delivery.
López Espinar A, Mulder LM, Elkhashab M, Khan Z, Czarnocki-Cieciura M, Aburto MR, Vucen S, Kowalski PS.
ACS Appl Bio Mater. 2025
Re-adenylation by TENT5A enhances efficacy of SARS-CoV-2 mRNA vaccines.
Krawczyk PS, Mazur M, Orzeł W, Gewartowska O, Jeleń S, Antczak W, Kasztelan K, Brouze A, Matylla-Kulińska K, Gumińska N, Tarkowski B, Owczarek EP, Affek K, Turowski P, Tudek A, Sroka M, Śpiewla T, Kusio-Kobiałka M, Wesołowska A, Nowis D, Golab J, Kowalska J, Jemielity J, Dziembowski A, Mroczek S.
Nature. 2025
Structural and biochemical characterization of the 3'-5' tRNA splicing ligases.
Chamera S, Zajko W, Czarnocki-Cieciura M, Jaciuk M, Koziej Ł, Nowak J, Wycisk K, Sroka M, Chramiec-Głąbik A, Śmietański M, Gołębiowski F, Warmiński M, Jemielity J, Glatt S, Nowotny M.
J Biol Chem. 2025
Data storage based on the absence of nucleotides using a bacteriophage abortive infection system reverse transcriptase.
Bajc G, Pavlin A, Figiel M, Zajko W, Nowotny M, Butala M.
Lab Chip. 2025
2024
Structural and biochemical characterization of cauliflower mosaic virus reverse transcriptase.
Prabaharan C, Figiel M, Szczepanowski RH, Skowronek K, Zajko W, Thangaraj V, Chamera S, Nowak E, Nowotny M.
J Biol Chem. 2024
Structure-functional characterization of Lactococcus AbiA phage defense system.
Gapińska M, Zajko W, Skowronek K, Figiel M, Krawczyk PS, Egorov AA, Dziembowski A, Johansson MJO, Nowotny M.
Nucleic Acids Res. 2024
Despite the odds: formation of the SARS-CoV-2 methylation complex.
Matsuda A, Plewka J, Rawski M, Mourão A, Zajko W, Siebenmorgen T, Kresik L, Lis K, Jones AN, Pachota M, Karim A, Hartman K, Nirwal S, Sonani R, Chykunova Y, Minia I, Mak P, Landthaler M, Nowotny M, Dubin G, Sattler M, Suder P, Popowicz GM, Pyrć K, Czarna A.
Nucleic Acids Res. 2024
Drug repurposing screen to identify inhibitors of the RNA polymerase (nsp12) and helicase (nsp13) from SARS-CoV-2 replication and transcription complex.
Kuzikov M, Reinshagen J, Wycisk K, Corona A, Esposito F, Malune P, Manelfi C, Iaconis D, Beccari A, Tramontano E, Nowotny M, Windshügel B, Gribbon P, Zaliani A.
Virus Res.. 2024
Cryo-EM structure of rotavirus B NSP2 reveals its unique tertiary architecture.
Chamera S, Wycisk K, Czarnocki-Cieciura M, Nowotny M.
J Virol. 2024
Structure-Based Discovery of High-Affinity Small Molecule Ligands and Development of Tool Probes to Study the Role of Chitinase-3-Like Protein 1.
Czestkowski W, Krzemiński Ł, Piotrowicz MC, Mazur M, Pluta E, Andryianau G, Koralewski R, Matyszewski K, Olejniczak S, Kowalski M, Lisiecka K, Kozieł R, Piwowar K, Papiernik D, Nowotny M, Napiórkowska-Gromadzka A, Nowak E, Niedziałek D, Wieczorek G, Siwińska A, Rejczak T, Jędrzejczak K, Mulewski K, Olczak J, Zasłona Z, Gołębiowski A, Drzewicka K, Bartoszewicz A.
J Med Chem. 2024
2023
Structures of annexin A2-PS DNA complexes show dominance of hydrophobic interactions in phosphorothioate binding.
Hyjek-Składanowska M, Anderson BA, Mykhaylyk V, Orr C, Wagner A, Poznański JT, Skowronek K, Seth P, Nowotny M.
Nucleic Acids Res.. 2023
Arginase 1/2 inhibitor OATD-02: from discovery to first-in-man setup in cancer immunotherapy.
Borek B, Nowicka J, Gzik A, Dziegielewski M, Jedrzejczak K, Brzezinska J, Grzybowski M, Stanczak P, Pomper P, Zagozdzon A, Rejczak T, Matyszewski K, Golebiowski A, Olczak J, Lisiecki K, Tyszkiewicz M, Kania M, Piasecka S, Cabaj A, Dera P, Mulewski K, Chrzanowski J, Kusmirek D, Sobolewska E, Magdycz M, Mucha L, Masnyk M, Golab J, Nowotny M, Nowak E, Napiorkowska-Gromadzka A, Pikul S, Jazwiec R, Dzwonek K, Dobrzanski P, Meyring M, Skowronek K, Iwanowski P, Zaslona Z, Blaszczyk R.
Mol Cancer Ther.. 2023
Mechanism of RecF–RecO–RecR cooperation in bacterial homologous recombination.
Nirwal S, Czarnocki-Cieciura M, Chaudhary A, Zajko W, Skowronek K, Chamera S, Figiel M, Nowotny M.
Nat Struct Mol Biol.. 2023
Structure of human TRPM8 channel.
Palchevskyi S, Czarnocki-Cieciura M, Vistoli G, Gervasoni S, Nowak E, Beccari AR, Nowotny M, Talarico C.
Commun Biol.. 2023
Rep protein accommodates together dsDNA and ssDNA which enables a loop-back mechanism to plasmid DNA replication initiation.
Wegrzyn K, Oliwa M, Nowacka M, Zabrocka E, Bury K, Purzycki P, Czaplewska P, Pipka J, Giraldo R, Konieczny I.
Nucleic Acids Res.. 2023
2022
Mechanism of protein-primed template-independent DNA synthesis by Abi polymerases.
Figiel M, Gapińska M, Czarnocki-Cieciura M, Zajko W, Sroka M, Skowronek K, Nowotny M.
Nucleic Acids Res. 2022
Structural basis of transposon end recognition explains central features of Tn7 transposition systems.
Kaczmarska Z, Czarnocki-Cieciura M, Górecka-Minakowska KM, Wingo RJ, Jackiewicz J, Zajko W, Poznański JT, Rawski M, Grant T, Peters JE, Nowotny M.
Mol Cell.. 2022
Natural Compounds Inhibit SARS-CoV-2 nsp13 Unwinding and ATPase Enzyme Activities.
Corona A, Wycisk K, Talarico C, Manelfi C, Milia J, Cannalire R, Esposito F, Gribbon P, Zaliani A, Iaconis D, Beccari AR, Summa V, Nowotny M, Tramontano E.
ACS Pharmacol Transl Sci. 2022
The Pet127 protein is a mitochondrial 5'-to-3' exoribonuclease from the PD-(D/E)XK superfamily involved in RNA maturation and intron degradation in yeasts.
Labedzka-Dmoch K, Razew M, Gapinska M, Piatkowski J, Kolondra A, Salmonowicz H, Wenda JM, Nowotny M, Golik P.
RNA. 2022
A heterotypic assembly mechanism regulates CHIP E3 ligase activity.
Das A, Thapa P, Santiago U, Shanmugam N, Banasiak K, Dabrowska K, Nolte H, Szulc NA, Gathungu RM, Cysewski D, Krüger M, Dadlez M, Nowotny M, Camacho CJ, Hoppe T, Pokrzywa W.
EMBO J. . 2022
2021
Structures of substrate complexes of foamy viral protease-reverse transcriptase.
Nowacka M, Nowak E, Czarnocki-Cieciura M, Jackiewicz J, Skowronek K, Szczepanowski R, Wöhrl BM, Nowotny M.
J Virol.. 2021
Structural Insights into the Interaction of Clinically Relevant Phosphorothioate mRNA Cap Analogs with Translation Initiation Factor 4E Reveal Stabilization via Electrostatic Thio-Effect.
Warminski M, Kowalska J, Nowak E, Kubacka D, Tibble R, Kasprzyk R, Sikorski PJ, Gross JD, Nowotny M, Jemielity J.
ACS Chem Biol.. 2021
2020
A combined structural and biochemical approach reveals translocation and stalling of UvrB on the DNA lesion as a mechanism of damage verification in bacterial nucleotide excision repair.
Jaciuk M, Swuec P, Gaur V, Kasprzak JM, Renault L, Dobrychłop M, Nirwal S, Bujnicki JM, Costa A, Nowotny M.
DNA Repair (Amst).. 2020
Origins of the increased affinity of phosphorothioate-modified therapeutic nucleic acids for proteins.
Hyjek-Składanowska M, Vickers T, Napiórkowska A, Anderson B, Tanowitz M, Crooke ST, Liang XH, Seth PP, Nowotny M.
J Am Chem Soc.. 2020
Human REXO2 Controls Short Mitochondrial RNAs Generated by mtRNA Processing and Decay Machinery to Prevent Accumulation of Double-Stranded RNA.
Szewczyk M, Malik D, Borowski LS, Czarnomska SD, Kotrys AV, Klosowska-Kosicka K, Nowotny M, Szczesny RJ.
Nucleic Acids Res.. 2020
Vimentin S-glutathionylation at Cys328 Inhibits Filament Elongation and Induces Severing of Mature Filaments in Vitro.
Kaus-Drobek M, Mücke N, Szczepanowski RH, Wedig T, Czarnocki-Cieciura M, Polakowska M, Herrmann H, Wysłouch-Cieszyńska A, Dadlez M.
FEBS J.. 2020
Structure and mechanism of CutA, RNA nucleotidyl transferase with an unusual preference for cytosine..
Nucleic Acids Res.. 2020
Evolutionary History and Activity of RNase H1-Like Proteins in Arabidopsis thaliana.
Kuciński J, Chamera S, Kmera A, Rowley MJ, Fujii S, Khurana P, Nowotny M, Wierzbicki AT.
Plant Cell Physiol.. 2020
Disulfide bridge cross-linking between protein and the RNA backbone as a tool to study RNase H1.
Hyjek-Składanowska M, Stasińska AR, Napiórkowska-Gromadzka A, Bartłomiejczak A, Seth PP, Chmielewski MK, Nowotny M.
Bioorg Med Chem. . 2020
Discovery of OATD-01, a First-in-Class Chitinase Inhibitor as Potential New Therapeutics for Idiopathic Pulmonary Fibrosis.
Koralewski R, Dymek B, Mazur M, Sklepkiewicz P, Olejniczak S, Czestkowski W, Matyszewski K, Andryianau G, Niedziejko P, Kowalski M, Gruza M, Borek B, Jedrzejczak K, Bartoszewicz A, Pluta E, Rymaszewska A, Kania M, Rejczak T, Piasecka S, Mlacki M, Mazurkiewicz M, Piotrowicz M, Salamon M, Zagozdzon A, Napiorkowska-Gromadzka A, Bartlomiejczak A, Mozga W, Dobrzański P, Dzwonek K, Golab J, Nowotny M, Olczak J, Golebiowski A.
J Med Chem.. 2020
The expression of Rpb10, a small subunit common to RNA polymerases, is modulated by the R3H domain-containing Rbs1 protein and the Upf1 helicase.
Cieśla M, Turowski TW, Nowotny M, Tollervey D, Boguta M.
Nucleic Acids Res.. 2020
2019
Crosslink and shield: protecting abasic sites from error-prone repair.
Nowotny M.
Nat Struct Mol Biol.. 2019
Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx4 nuclease.
Gaur V, Ziajko W, Nirwal S, Szlachcic A, Gapińska M, Nowotny M
Nucleic Acids Res.. 2019
RuvC uses dynamic probing of the Holliday junction substrate to achieve sequence specificity and efficient resolution.
Górecka KM, Krepl M, Szlachcic A, Poznański J, Šponer J, Nowotny M.
Nat Commun.. 2019
RNases H: Structure and mechanism.
Hyjek M, Figiel M, Nowotny M.
DNA Repair (Amst). 2019
2018
Mechanism of polypurine tract primer generation by HIV-1 reverse transcriptase.
Figiel M, Krepl M, Park S, Poznański J, Skowronek K, Gołąb A, Ha T, Šponer J, Nowotny M.
J Biol Chem. 2018
5′-Phosphorothiolate Dinucleotide Cap Analogues: Reagents for Messenger RNA Modification and Potent Small-Molecular Inhibitors of Decapping Enzymes.
Wojtczak BA, Sikorski PJ, Fac-Dabrowska K, Nowicka A, Warminski M, Kubacka D, Nowak E, Nowotny M, Kowalska J, Jemielity J.
J Am Chem Soc.. 2018
Structural analysis of mtEXO mitochondrial RNA degradosome reveals tight coupling of nuclease and helicase components.
Razew M, Warkocki Z, Taube M, Kolondra A, Czarnocki-Cieciura M, Nowak E, Labedzka-Dmoch K, Kawinska A, Piatkowski J, Golik P, Kozak M, Dziembowski A, Nowotny M.
Nat Commun.. 2018
2017
The siRNA suppressor RTL1 is redox-regulated through glutathionylation of a conserved cysteine in the double-stranded-RNA-binding domain.
Charbonnel C, Niazi AK, Elvira-Matelot E, Nowak E, Zytnicki M, de Bures A, Jobet E, Opsomer A, Shamandi N, Nowotny M, Carapito C, Reichheld J-P, Vaucheret H, Saez-Vasquez J.
Nucleic Acids Res.. 2017
mRNA cap analogues substituted in the tetraphosphate chain with CX2: identification of O-to-CCl2 as the first bridging modification that confers resistance to decapping without impairing translation.
Rydzik AM, Warminski M, Sikorski PJ, Baranowski MR, Walczak S, Kowalska J, Zuberek J, Lukaszewicz M, Nowak E, W Claridge TD, Darzynkiewicz E, Nowotny M, Jemielity J.
Nucleic Acids Res. 2017
Chapter Six - Structural Studies of RNases H2 as an Example of Crystal Structure Determination of Protein–Nucleic Acid Complexes
Figiel M, Nowotny M
Methods in Enzymology. 2017
Coordination between the polymerase and RNase H activity of HIV-1 reverse transcriptase
Figiel M, Krepl M, Poznanski J, Golab A, Šponer J, Nowotny M
Nucleic Acids Res.. 2017
2016
Structure and mechanism of nucleases regulated by SLX4
Nowotny M, Gaur V
Curr Opin Struct Biol. 2016
A short splicing isoform of HBS1L links the cytoplasmic exosome and SKI complexes in humans
Kalisiak K, Kuliński TM, Tomecki R, Cysewski D, Pietras Z, Chlebowski A, Kowalska K, Dziembowski A
Nucleic Acids Res. 2016
Single-molecule imaging of UvrA and UvrB recruitment to DNA lesions in living Escherichia coli
Stracy M, Jaciuk M, Uphoff S, Kapanidis AN, Nowotny M, Sherratt DJ, Zawadzki P
Nat Commun.. 2016
2015
Helicobacter pylori HP0377, a member of the Dsb family, is an untypical multifunctional CcmG that cooperates with dimeric thioldisulfide oxidase HP0231
Roszczenko P, Grzeszczuk M, Kobierecka P, Wywial E, Urbanowicz P, Wincek P, Nowak E, Jagusztyn-Krynicka EK
BMC Microbiol.. 2015
Structural and Mechanistic Analysis of the Slx1-Slx4 Endonuclease
Gaur V, Wyatt HDM, Komorowska W, Szczepanowski RH, de Sanctis D, Gorecka KM, West SC, Nowotny M
Cell Reports. 2015
Functional and evolutionary analyses of Helicobacter pylori HP0231 (DsbK) protein with strong oxidative and chaperone activity characterized by a highly diverged dimerization domain
Bocian-Ostrzycka KM, Łasica AM, Dunin-Horkawicz S, Grzeszczuk MJ, Drabik K, Dobosz AM, Godlewska R, Nowak E, Collet J-F, Jagusztyn-Krynicka EK
Frontiers in Microbiology. 2015
2014
Crystal structure of RNase H3-substrate complex reveals parallel evolution of RNA/DNA hybrid recognition.
Figiel M, Nowotny M.
Nucleic Acids Res.. 2014
Crystal structure of the catalytic core of Rad2: insights into the mechanism of substrate binding
Miętus M, Nowak E, Jaciuk M, Kustosz P, Studnicka J, Nowotny M
Nucleic Acids Res. 2014
The RNase H-like superfamily: new members, comparative structural analysis and evolutionary classification
Majorek KA, Dunin-Horkawicz S, Steczkiewicz K, Muszewska A, Nowotny M, Ginalski K, Bujnicki JM
Nucleic Acids Res.. 2014
Multiple myeloma-associated hDIS3 mutations cause perturbations in cellular RNA metabolism and suggest hDIS3 PIN domain as a potential drug target
Tomecki R, Drazkowska K, Kucinski I, Stodus K, Szczesny RJ, Gruchota J, Owczarek EP, Kalisiak K, Dziembowski A
Nucleic Acids Res.. 2014
Ty3 reverse transcriptase complexed with an RNA-DNA hybrid shows structural and functional asymmetry
Nowak E, Miller JT, Bona MK, Studnicka J, Szczepanowski RH, Jurkowski J, Le Grice SFJ, Nowotny M
Nature Structural & Molecular Biology. 2014
Structural analysis of human 2′-O-ribose methyltransferases involved in mRNA cap structure formation
Smietanski M, Werner M, Purta E, Kaminska KH, Stepinski J, Darzynkiewicz E, Nowotny M, Bujnicki JM
Nat Commun. 2014
Structural and biochemical insights to the role of the CCR4-NOT complex and DDX6 ATPase in microRNA repression.
Mathys H, Basquin J, Ozgur S, Czarnocki-Cieciura M, Bonneau F, Aartse A, Dziembowski A, Nowotny M, Conti E, Filipowicz W.
Mol Cell.. 2014
2013
Crystal structure of RuvC resolvase in complex with Holliday junction substrate
Górecka KM, Komorowska W, Nowotny M
Nucleic Acids Res. 2013
Structural analysis of monomeric retroviral reverse transcriptase in complex with an RNA/DNA hybrid
Nowak E, Potrzebowski W, Konarev PV, Rausch JW, Bona MK, Svergun DI, Bujnicki JM, Le Grice SF, Nowotny M
Nucleic Acids Res. 2013
RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities
Chon H, Sparks JL, Rychlik M, Nowotny M, Burgers PM, Crouch RJ, Cerritelli SM
Nucleic Acids Res. 2013
2012
Sequence-specific cleavage of the RNA strand in DNA-RNA hybrids by the fusion of ribonuclease H with a zinc finger
Sulej AA, Tuszynska I, Skowronek KJ, Nowotny M, Bujnicki JM
Nucleic Acids Res. 2012
2011
The structural and biochemical characterization of human RNase H2 complex reveals the molecular basis for substrate recognition and Aicardi-Goutières syndrome defects
Figiel M, Chon H, Cerritelli SM, Cybulska M, Crouch RJ, Nowotny M
J Biol Chem. 2011
Catalytic mechanism of RNA backbone cleavage by ribonuclease H from quantum mechanics/molecular mechanics simulations
Rosta E, Nowotny M, Yang W, Hummer G
J Am Chem Soc.. 2011
Structure of UvrA nucleotide excision repair protein in complex with modified DNA.
Jaciuk M, Nowak E, Skowronek K, Tańska A, Nowotny M
Nat Struct Mol Biol. 2011
2010
Crystal structures of RNase H2 in complex with nucleic acid reveal the mechanism of RNA-DNA junction recognition and cleavage.
Rychlik MP, Chon H, Cerritelli SM, Klimek P, Crouch RJ, Nowotny M
Mol Cell. 2010
2009
Structural and functional modules in RNA interference
Nowotny M, Yang W
Curr Opin Struct Biol. 2009
Retroviral integrase superfamily: the structural perspective.
Nowotny M
EMBO Rep. 2009
2004
Human Sgt1 binds HSP90 through the CHORD-Sgt1 domain and not the tetratricopeptide repeat domain.
Lee YT, Jacob J, Michowski W, Nowotny M, Kuznicki J, Chazin WJ.
J Biol Chem.. 2004
2000
Characterization of the interaction of calcyclin (S100A6) and calcyclin-binding protein.
Nowotny M, Bhattacharya S, Filipek A, Krezel AM, Chazin W, Kuznicki J.
J Biol Chem.. 2000