 |
Dr Aleksandra Kołodziejczyk
Adres do korespondencji:
Laboratorium Genomiki Komórkowej
Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie
ul. Ks. Trojdena 4, 02-109 Warszawa, Polska
www: olab.com.pl
Email: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
|
STOPNIE NAUKOWE
2017 – Doktor nauk biologicznych, Trinity College, Uniwersytet w Cambridge, Wielka Brytania
2011 – Magister Biologii Molekularnej, kierunek Biologia Molekularna i Komórkowa, Uniwersytet w Heidelbergu, Niemcy
2009 – Licencjat z biotechnologii, Uniwersytet w Perugii, Włochy
DOŚWIADCZENIE ZAWODOWE
2023-obecnie – Kierownik Pracowni Genomiki Komórkowej, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie
2017-2023 – Staż podoktorski u prof. Erana Elinava w departamencie Immunologii Systemów, Instytut Naukowy Weizmanna, Izrael
2012-2016 – Badania doktoranckie z dr Sarą Teichmann w Instytucie Sangera i EMBL Europejskim Instytucie Bioinformatyki, Wielka Brytania
2011-2012 – Praca magisterska pod kierunkiem prof. Victora Sourjika w ZMBH, Uniwersytet w Heidelbergu, Niemcy
2010 – Członek zespołu projektu iGEM Heidelberg, Uniwersytet w Heidelbergu, Niemcy
2009 – Praca licencjacka z prof. Matthiasem Wilmansem, EMBL Hamburg, Niemcy
2008 – Staż letni u prof. Alana Fershta, MRC LMB, Cambridge, UK
2007 – Staż letni u prof. Freda van Leuvena, Katholieke Universiteit Leuven, Belgia
WYRÓŻNIENIA I NAGRODY
2021 - Nagroda Instytutu Nauki Weizmanna za wybitne osiągnięcia w badaniach podoktorskich
2017 - Nagroda dla Innowacyjnych Studentów Instytutu Nauki Weizmanna
2017 - Indywidualne Stypendium Marie Skłodowskiej Curie 2016 - stypendium długoterminowe EMBO
2013 - Grant Funduszu Badawczego Rouse Ball 2010 - Stypendium Niemieckiej Centrali Wymiany Akademickiej (DAAD)
2009 - Stypendium dla stażystów EMBL
2009 - Nagroda Prezydenta Miasta Tczewa dla Utalentowanych Studentów
2008 - Letnie Studium MRC LMB 2008 - Stypendium ERASMUS
2007 - Stypendium Regione Umbria „Ekspert w dziedzinie biomateriałów”
LISTA PUBLIKACJI BEZ AFILIACJI MIBMiK
Javitt A*, Shmueli MD*, Kramer MP, Kolodziejczyk AA, Cohen I, Kamer I, Litchfield K, Bab-Dinitz E, Zadok O, Welk V, Ulman A, Radomir L, Wolf-Levy H, Eisenberg-Lerner A, Kacen A, Alon M, Toste Rêgo A, Stacher-Priehse E, Lindner M, Koch I, Bar J, Swanton C, Samuels Y, Levin Y, da Fonseca PAC, Elinav E, Friedman N, Meiners S, Merbl Y (2021) The proteasome regulator PSME4 drives immune evasion and abrogates anti-tumor immunity in NSCLC. bioRxiv 2021.10.24.464690.
Ben-Moshe S, Veg T, Manco R, Dan S, Bahar Halpern K, Kolodziejczyk AA, Elinav E, Itzkovitz S. (2022) The spatio-temporal program of liver zonal regeneration. Cell Stem Cell 29 (6), 973-989.
Fluhr L*, Mor U*, Kolodziejczyk AA, Dori-Bachash M, Leshem A, Itav S, Cohen Y, Suez J, Moresi C, Molina S, Ayalon N, Valdés-Mas R, Hornstein S, Karbi H, Kviatcovsky D, Livne A, Bukimer A, Eliyahu-Miller S, Metz A, Brandis A, Mehlman T, Kuperman Y, Tsoory M, Stettner N, Harmelin A, Shapiro H, Elinav E (2021) Gut microbiota modulates weight gain in mice after discontinued smoke exposure. Nature 600 (7890), 713-719.
Winick-Ng W, Kukalev A, Harabulā I, Zea L Redondo, Meijer M, Serebreni L, Bianco S, Szabo D, Chiariello AM, Azcarate II, Fiorillo L, Musella F, Thieme C, Irani E, Torlai Triglia E, Kolodziejczyk AA, Abentung A, Apostolova G, Paul EJ, Franke V, Kempfer R, Akalin A, Teichmann SA, Dechant G, Ungless MA, Nicodemi M, Castelo-Branco G, Pombo A (2021) Cell-type specialization is encoded by specific chromatin topologies. Nature 599 (7886), 684-691.
Kern L*, Abdeen S*, Kolodziejczyk AA*, Elinav E. (2021) Commensal inter-bacterial interactions shaping the microbiota. Curr. Opin. Microbiol. 63, 158-17. Kolodziejczyk AA, Federici S, Zmora N, Mohapatra G, Dori-Bachash M, Hornstein S, Leshem A, Reuveni D, Zigmond E, Meir Salame T, Harmelin A, Tobar A, Shlomai A, Shapiro H, Amit I, Elinav E (2020) Acute liver failure is regulated by Myc- and microbiome dependent programs. Nat Med. 26 (12), 1899-1911.
Kolodziejczyk AA*, Zheng D*, Elinav E (2019) Diet–microbiota interactions and personalized nutrition. Nat. Rev. Microbiol. 17 (12), 742-753.
Kolodziejczyk AA*, Zheng D*, Shibolet O, Elinav E (2019) The role of the microbiome in NAFLD and NASH. EMBO Mol. Med. 11 (2).
Shapiro H*, Kolodziejczyk AA*, Halstuch D*, Elinav E (2018) Bile acids in glucose metabolism in health and disease. J. Exp. Med. 215 (2), 383-396.
Kar G, Kim JK, Kolodziejczyk AA, Natarajan KN, Torlai Triglia E, Mifsud B, Elderkin S, Marioni JC, Pombo A, Teichmann SA (2017) Flipping between Polycomb repressed and active transcriptional states introduces noise in gene expression. Nat Commun. 8 (1), 36.
Kolodziejczyk AA, T Lönnberg T (2017) Global and targeted approaches to single-cell transcriptome characterization. Brief. Funct. Genomics 17 (4) 209–219.
Natarajan KN, Teichmann SA, Kolodziejczyk AA (2017) Single cell transcriptomics of pluripotent stem cells: reprogramming and differentiation. Curr. Opin. Genet. Dev. 46, 66-76.
Yang J, Ryan D, Wang W, Tsang CHJ, Lan G, Gao X, Antunes L, Clifford Wilkinson A, Yu Y, Kolodziejczyk AA, Campos L, Wang J, Yang F, Tanaka Y, Eckersley-Maslin M,l Woods M, Bussell J, Ramirez-Solis R, Reik W, Gottgens B, Zou X, Lu L, Wang C, Masaki H, White J, Nakauchi H, Zhong Z, Teichmann SA, Fu B, Zhu Z, Liu P (2017) Establishment of mouse expanded potential stem cells. Nature 550 (7676), 393-39.
Levy M*, Kolodziejczyk AA*, Thaiss CA*, Elinav E. (2017) Dysbiosis and the immune system. Nat. Rev. Immunol. 17 (4), 219-232.
Martinez-Jimenez CP*, Eling N*, Chen HC, Vallejos CA, Kolodziejczyk AA, Connor F, Stojic L, Rayner TF, Stubbington MJT, Teichmann SA, de la Roche M, Marioni JC, Odom DT (2017) Aging increases cell-to-cell transcriptional variability upon immune stimulation. Science 355 (6332), 1433-1436.
Ilicic T, Kim JK, Kolodziejczyk AA, Bagger FO, McCarthy D, Marioni JC, Teichmann SA. Classification of low quality cells from single cell RNA-seq data. Genome Biol. 17 (1), 1. Kim JK, Kolodziejczyk AA, Ilicic T, Teichmann SA, Marioni JC (2015) Characterizing noise structure in single-cell RNA-seq distinguishes genuine from technical stochastic allelic expression. Nat. Commun. 6, 8687.
Kolodziejczyk AA*, Kim JK*, Tsang JCH, Ilicic T, Henriksson J, Natarajan KN, Tuck AC, Gao X, Bühler M, Liu P, Marioni JC, Teichmann SA (2015) Single Cell RNA-Sequencing of Pluripotent States Unlocks Modular Transcriptional Variation. Cell Stem Cell 17 (4), 471-485.
Kolodziejczyk AA, Kim JK, Svensson V, Marioni JC, Teichmann SA (2015) The Technology and Biology of Single-Cell RNA Sequencing. Mol. Cell 58 (4), 610-620.
Tsang JCH, Yu Y, Burke S, Buettner F, Wang C, Kolodziejczyk AA, Teichmann SA, Lu L, Liu L. (2015) Single-cell transcriptomic reconstruction reveals cell cycle and multi-lineage differentiation defects in Bcl11a-deficient hematopoietic stem cells. Genome Biol. 16 (1), 1-16.
Mahata B, Zhang X, Kolodziejczyk AA, Proserpio V, Haim-Vilmovsky L, Taylor AE, Hebenstreit D, Dingler FA, Moignard V, Göttgens B, Arlt W, McKenzie ANJ, Teichmann SA (2014) Single-cell RNA sequencing reveals T helper cells synthesizing steroids de novo to contribute to immune homeostasis. Cell Rep. 22;7(4):1130-42.
Brennecke P*, Anders S*, Kim JK*, Kolodziejczyk AA, Zhang X, Proserpio V, Baying B, Benes V, Teichmann SA, Marioni JC, Heisler MG (2013) Accounting for technical noise in single-cell RNA-seq experiments. Nat. Meth. 10: 1093–1095.
